1，調節排便:保持排便通暢，防止腹瀉或便秘，以減少糞便對肛瘺內口的刺激。
2.清潔肛門:用1: 10000的溫生理鹽水或高錳酸鉀溶液坐浴，每日1 ~ 2次。還有勤換內褲。
3.適當用藥:可口服黃連素、慶大黴素等抗生素控制炎癥。也可以用藥膏等局部塗片或中藥內服外用。
現代技術治療肛瘺——奧林·HCPT微創技術
HCPT微創手術通過直腸纖維鏡進入肛門，通過監視器直接對內口進行微創電凝，使肛瘺內部幹口結閉合，然後沖洗出瘺口內膿液，保證了手術的成功。