學校設有保健醫學系、衛生科技系、思想政治教育與研究系等9個系(部)，開設護理、助產、生物信息技術等25個專業。長春衛生職業學院開創了以就業為導向的“訂單式”培養模式，建立了與產業需求全鏈條對應的“規範引進、規範培養、保障出口”的人才培養體系。
學校設有保健醫學系、健康飲食系、健康運動系、健康教育系、健康管理系、健康科學技術部、健康基礎系等7個系(部)。設有護理、康復技術、中醫保健、老年保健與管理、醫療美容技術、視光技術、醫學營養、食品營養與檢測、大數據技術與應用、智能產品開發、休閑體育、電子競技與管理、早教、學前教育、健康管理、家政服務與管理等16個專業。