起初，大多數植物細胞培養反應器使用微生物反應器。由於植物細胞的形態結構與微生物細胞不同，植物細胞比微生物細胞大，對剪切力的耐受能力差，對氧氣的要求比微生物低得多，所以微生物反應器並不完全適合植物細胞的生長和生產。出現了許多不同於傳統微生物反應器的植物細胞培養反應器，並在不斷改進。用於植物細胞培養的反應器主要包括攪拌式反應器、非攪拌式反應器及其改進型反應器，以及植物細胞固定化反應器和膜反應器。