太祖長拳在長期的學習過程中，形成了許多分支。如河南登封、開封、禹城的太祖長拳，山東運城、臨沂、萊州，河北滄州，天津及山西、福建、江蘇等地著名。
太祖長拳因其形成早、體系全、效果明顯，對其他拳種影響很大。其中直接受其影響的拳種有天津太祖門通背拳、魯京齊家拳、陜西洪通通背拳和風靡全球的太極拳。其中，太極拳大量吸收了戚繼光的“三十二式拳”，而戚繼光的“三十二式拳”則明顯受到毛長拳的影響。目前流傳於河南溫縣陳家溝的《太池曉四套》拳譜中有記載:“太祖最厲害”，“欲知此拳出自何處，名曰太祖夏楠堂”。在其經典套路《九排子》中，保留了“探馬式太祖高傳”的動作。