然而，在西方現代化的影響下，同仁堂原有的中藥炮制工藝和制藥特色面臨著生存和發展的困境，傳統制藥方法受到束縛，獨特技術面臨失傳的風險。同仁堂為保護這種優秀的傳統文化做出了不懈的努力，它需要得到全社會的尊重和保護。
國家高度重視非物質文化遺產的保護。2006年5月20日，同仁堂中醫藥文化被國務院批準列入第壹批國家級非物質文化遺產名錄。2007年6月5日，北京同仁堂(集團)有限公司盧光榮、、關、田瑞華被文化部確定為該文化遺產項目代表性傳承人，列入第壹批國家級非物質文化遺產項目226名代表性傳承人名單。