1.營養價值低:低脂奶茶中的脂肪有所減少，但牛奶和糖仍是主要成分，所以能提供的營養價值相對較少。
2.含糖量高:低脂奶茶通常會添加大量的糖來彌補口感上的差異，這樣會使低脂奶茶的含糖量更高，容易導致血糖波動。
3.可能含有添加劑:為了達到低脂的效果，壹些低脂奶茶產品可能會添加其他成分以達到理想的口感，如人工甜味劑、乳化劑、穩定劑等，這些成分可能會對人體健康產生壹定的影響。
4.價格相對較高:由於低脂奶茶要經過特殊的生產工藝，選用特殊的原料，生產成本相對較高，其價格通常比普通奶茶貴。