流行性乙型腦炎極期可有高熱、意識障礙、驚厥或抽搐和呼吸衰竭。其中，呼吸衰竭是本病最嚴重的表現和主要死亡原因，多發生於深度昏迷患者。尤其是中樞性呼吸衰竭，常因腦實質炎癥，尤其是延髓呼吸中樞損害、腦水腫、腦疝和低鈉性腦病等引起。後遺癥以失語、強直性癱瘓、扭轉痙攣、精神失常等較為常見，經積極治療後多可逐漸恢復，不至於導致患者死亡。