新鄉醫學院建有5所直屬附屬醫院，其中4所為國家三級甲等醫院。名單為：
新鄉醫學院第壹附屬醫院，是綜合性三級甲等醫院。醫院始建於1896年，前身為加拿大醫學博士羅維靈等創辦的博濟醫院，1982年更為現名、並沿用至今。醫院占地310畝，建築面積40.6萬平方米，核定床位3500張，臨床、醫技科室102個。現有職工3576名，其中碩士、博士1000余名。
新鄉醫學院第二附屬醫院，是壹所神經疾病專科三級甲等醫院。醫院始建於1951年6月，1957年5月，定名為河南省精神病醫院。1994年3月新增名稱新鄉醫學院第二附屬醫院。醫院占地面積8.91萬平方米，建築面積8.68萬平方米，醫院現有專業技術人員899人，高級專業技術人員167人。新鄉醫學院第三附屬醫院，始建於1983年，是壹所集醫療、教學、科研、預防、康復為壹體的省直屬三級綜合性大學附屬醫院，是河南省按病種付費試點醫院，是城鎮職工醫保、城鎮居民醫保、新型農村合作醫療定點醫院，也是多家保險機構定點醫院。
新鄉市附屬中心醫院，始建於1949年11月，原為平原省人民醫院；1953年更名為河南省第三人民醫院；1986年改名為新鄉市中心醫院，目前已發展成為新鄉市市屬唯壹壹所集醫療、教學、科研、預防等為壹體的綜合性三級甲等醫院。
新鄉市第壹人民醫院，創建於1936年，是壹所大型現代化綜合性三級甲等醫院。醫院占地面積35816平方米，建築面積94847平方米。開放床位1600張，設臨床、醫技科室59個。醫院現有職工1656名，其中高級職稱242人，中級職稱372人，研究生以上學歷236人。