臨床檢查與病理檢查之間經常存在著壹定程度的假陰性或假陽性率，由於病理分期是在對手術後病理標本做直觀檢查後做出的診斷，更加真實客觀地反映了乳腺癌的嚴重程度和侵犯範圍，因而病理分期比臨床分期更為正確。TNM分期根據病理檢查做分類，稱為PTNM分期。具體如下。
（1）PT期。原發腫瘤病竈，與TNM分期相同。
（2）PN期。區域淋巴結。
PNx：無法對區域淋巴結狀況做出評價（如以前已經切除或沒有切除淋巴結供病理檢查）。
PN0：組織檢查無區域淋巴結轉移。
PN1：同側腋窩淋巴結轉移，但尚未融合。
PN1a：淋巴結內僅能夠在切片上可見轉移竈。
PN1b：肉眼可見轉移竈。
又分為微小轉移竈，直徑＜0.2cm；1～3個淋巴結轉移，直徑＞0.2cm；4～6個淋巴結轉移，直徑＞0.2cm；轉移竈超過淋巴結包膜；轉移竈超過2cm。
PN2～3：分期同TNM分期。
（3）PM期。遠處轉移，分期同TNM。