主要區別是，品種不同、形態特征不同、產地生境不同，具體如下：
壹、品種不同
1、南柴胡
南柴胡壹般指紅柴胡，又名狹葉柴胡、南柴胡。是傘形目、傘形科、柴胡屬、紅柴胡種植物。
2、北柴胡
北柴胡，又名竹葉柴胡，硬苗柴胡，韭葉柴胡。是傘形目、傘形科、柴胡屬、北柴胡種植物。
二、形態特征不同
1、南柴胡
多年生草本植物，高30-60厘米。主根發達，圓錐形，支根稀少，深紅棕色，表面略皺縮，上端有橫環紋，下部有縱紋，質疏松而脆。葉細線形，基生葉下部略收縮成葉柄，其他均無柄，葉緣白色，骨質，上部葉小，同形。 小傘形花序有花，花瓣黃色，舌片幾與花瓣的對半等長，頂端2淺裂，花柱基厚墊狀，寬於子房，深黃色，柱頭向兩側彎曲；子房主棱明顯，表面常有白霜。花期7-8月。
2、北柴胡
多年生草本植物，高可達85厘米。主根堅硬較粗大，棕褐色，莖表面有細縱槽紋，實心，基生葉倒披針形或狹橢圓形，頂端漸尖，基部收縮成柄，葉表面鮮綠色，背面淡綠色，常有白霜；莖頂部葉同形，復傘形花序，花序梗細，水平伸出，形成疏松的圓錐狀；總苞片甚小，狹披針形，花瓣鮮黃色，上部向內折，中肋隆起，花柱基深黃色，果廣橢圓形，棕色，9月開花，10月結果。
三、產地生境不同
1、南柴胡
生於幹燥的草原及向陽山坡上，灌木林邊緣，海拔160-2250米。分布於俄羅斯西伯利亞東部及西部、蒙古、朝鮮、日本。在中國的黑龍江、吉林、遼寧、河北等諸省廣範分布。
2、北柴胡
生長於向陽山坡路邊、岸旁或草叢中。常野生於較幹燥的山坡、林緣、林中隙地、草叢及路旁。分布於中國東北、華北、西北、華東和華中各地。
以上內容參考?百度百科-南柴胡、百度百科-北柴胡