新鮮的黃花菜帶有—定的毒性，所以在食用之前都會將黃花菜做壹定的處理。如果想要食用比較新鮮—點的黃花菜的話，可以不將黃花菜做烘幹處理，只需在烹制之前將黃花菜做焯水處理，還要浸泡壹段時間，以免黃花菜的毒素清除的不幹凈，但是平時吃的話最好是將黃花菜曬幹食用比較好，壹方面可以將黃花菜更好的儲存，另壹方面也能防止食物中毒的現象發生。
新鮮的黃花菜中含有秋水仙堿物質，這種物質在人體內會由秋水仙堿轉化為二氧秋水仙堿而使人中毒，因此吃的時候應將鮮黃花菜用60度以上高溫處理，或用涼水浸泡，吃時用沸水焯的時間稍長壹些，以免中毒，或者長時間幹制也可破壞秋水仙堿。
黃花菜收割的時候，有的人為了黃花菜中水分能快速瀝幹，選擇將黃花菜在火中烘幹，烘幹之後黃花菜的表面壹般都含有壹點小黑點，這個時候黃花菜還並未有壹種苦澀味，但是為了黃花菜的賣相更好，更符合黃花菜本身的顏色，就會有的人選擇用硫磺去烘黃花菜，這種黃花菜就會有壹種明顯的苦澀味；有的黃花菜的苦澀味並不明顯，只是有壹種被燒焦的苦澀味，但是有的黃花菜的苦味就比較重，這種就可能是加了壹些化學試劑。所以在購買的時候要稍微註意盡量去購買壹些顏色不是那麽好看的黃花菜食用比較好。
即使是食用幹黃花菜時，在食用前也最好用清水浸泡至少30分鐘以上，其間多換幾次清水，然後反復沖洗幹凈後再食用，以去掉殘留的二氧化硫，這樣才能更加安全。此外，烹調時還要加幾滴醋，多熱炒或多燉幾分鐘。這樣，即使略有二氧化硫殘留，在酸性條件下也會較快分解，可以放心食用。
從黃花菜富含的營養成分來看，其中富含豐富的膳食纖維、維生素、礦物質和蛋白質等，如果是幹制的黃花菜，其中蛋白質、脂肪和碳水化合物遠高於其他蔬菜，尤其是礦物質含量是其他蔬菜的數倍，食用它不僅起到補充營養成分的作用，同時豐富的膳食纖維還具有通便、調節血糖和控制體重的作用。