蒲輔周是壹臨床大家。在他70多年的醫療生涯中，以振興祖國醫學為誌，始終精研醫理，博覽兼收，治學嚴謹，精益求精。
從青年時期起，蒲輔周就養成了刻苦讀書的習慣，不論春夏秋冬，幾十年不變。調到北京時，他已年近古稀，享有盛名，但他堅持閱讀的習慣不變。除了從書本學習外，他還向有經驗的醫生學習。他平時所用的痛風驗方、百損丸和治肺結核吐血經驗方等，皆得自其他老中醫口授；治療和控制內眼病及白內障等眼病的“九子地黃丸”，也是從四川壹位眼科醫生那裏學來的。
為驗證書本知識，蒲輔周還勇於實踐。如早年對“十八反”產生疑問，曾用半斤蜂蜜加蔥白4兩，將蔥白搗如泥和蜜拌勻，放置半天後，每小時給狗餵三分之壹，狗吃後無異常反應，自己又親口服用，仍安然無恙，證實了蜂蜜與蔥白並不“反”。他也曾將海藻、甘草同服，經多次實驗，證明海藻可與甘草同用，用於臨床，發現其軟堅消結之力更強。他還嘗過甘遂配甘草，服後雖反應劇烈，但發現祛痰逐濁效果極好。
蒲輔周認為，學無止境，學習必須持之以恒。中醫的理論深奧而廣博，沒有堅韌不拔的毅力和活到老、學到老的恒心，是不易掌握的。他對於每壹部中醫文獻，無論篇幅大小，都堅持逐章逐節、逐字逐句地細讀，而且反復地讀。蒲輔周說，每讀壹遍，皆有新的啟發，只有細細琢磨，才能舉壹反三。病有萬端，藥有萬變，只有刻苦學習，才能把病看好。
蒲輔周壹向對自己嚴格要求，從不文過飾非。他早年在家鄉行醫，且已享有盛譽，但由於壹次偶然的醫療失誤，他便毅然停診3年，閉門讀書，反思自己的不足。期間，還以壹個月的時間將借來的壹部日人編著的《皇漢醫學》壹書抄畢讀完，並感慨地說：“外國人尚於中醫有如此精深研究，中國人豈甘自卑”！其嚴於自律的精神，於此可見壹斑。他為自己行為定下了3條準則：其壹，好讀書，必求甚解。見重點，作好筆記，加深記憶；有疑義，則反復查證，務求明辨。其二，謹授課，必有準備。講原文則主題明確，論之有據；作分析則深入淺出，引人入勝。其三，慎臨證，必不粗疏。問病情，則詳察體認，明其所因；辨證治則膽大心細，伏其所主。他這種從嚴要求的治學精神，使他在臨證時能分辨細微，審證診脈之準確較他人更勝壹籌。如在壹次為壹重型乙型腦炎患者會診的討論中，出席的醫生都認為該患者高熱灼手，胸腹痞滿，已3日不大便，脈沈數，苔黃膩，可以用瀉下的方法治療。而蒲輔周卻認為，雖胸腹痞滿，但痞滿而不堅，脈象不是沈實而兩尺呈現滑象，苔厚膩而非老黃，所以不需用下法，大便會自行排出。正當醫生們認真剖析，意見漸趨壹致時，護士來報告，說患者已下溏糞。他認證之準確，令同仁嘆服。
他不僅嚴格要求自己，也嚴格要求學生。他在北京工作時，在周總理的關懷下，為他配備了幾名學生。學生中有出於醫學世家的中醫，也有西醫學習中醫的學生，還有中醫院校畢業生。對學生他都精心培養，倍加愛護。在學術上，則因材施教，按照學生不同情況提出不同的要求。他要求學生多讀書，多看病。凡規定學生看的書，還要求學生提出問題。他說：“學問，必須是學而問”。臨證則讓學生先辨證立法、處方用藥，他再修改補定。 蒲輔周是富有經驗的臨床醫學家，又是懂得唯物辯證法的中醫理論家。他認為，中醫學有獨特的理論，《內經》、《傷寒論》等典籍，是中醫理論體系以辯證法為內核的結晶，必須認真繼承和發展。他對《內經》和《傷寒論》有精深的研究，在繼承《內經》、《傷寒論》的理論基礎上，對其中的壹些理論問題作了精辟的闡發，體現了他師古而不泥古的風範。
如對“冬傷於寒，春必病溫”和“冬不藏精，春必病溫”的經義，擺脫了壹般學者從伏氣論的觀點所作的解釋（即冬日受了寒邪，邪氣伏藏於體內，到春天發為溫病），而是從冬不藏精比類悟出，冬失因藏和冬病傷寒之人，其正氣必虛，春天邪氣所湊，自然容易感染而得溫病，不可能由冬天感受的寒邪，整個冬天伏藏於體內而到春天才發病。 又如對“陽常有余，陰常不足”的看法，他認為五臟六腑皆有陰陽，何者為陽有余？何者為陰不足？且陰平陽秘，精神乃治，壹有偏勝，則必為病，豈可能陽常有余，陰常不足，而人不為病的？所以人體之陽，不是火有余而是水不足，這就是王冰“壯水之主以制陽光，益火之源以消陰翳”的本意。但自朱丹溪提出此說後影響醫界數百年，直至明代張介賓提出“陽非有余，陰常不足”，才將朱丹溪的影響糾正過來。反映了蒲輔周繼承前賢學術，博學廣思，師古而不泥古的精神。對《醫林改錯》及作者，蒲輔周的評價是：“王清任先生苦心於醫藥，積有心得，值得學習和尊敬。但僅觀察數十具不完整的屍體，而確定古人是非，殊屬自矜太過，其圖證之現代解剖亦有未合……”。他對王清任的評價反映了他的壹家之言，但也是他學習前人經驗並不盲從的壹例。
對中醫治療大法的汗、吐、下、和、溫、清、消、補八法，蒲輔周認為，八法的具體應用應掌握分寸，若當用而不用是為失治，不當用而用是為誤治，但也有當用而用之不得其法，結果病情未得改善。蒲輔周從《傷寒論》桂枝湯下載“溫覆令壹時許，遍身?，微似有汗者益佳，不可令如水流漓，病必不除”悟出，八法之應用，應達到汗而勿傷，下而勿損，和而勿泛，吐而勿緩，溫而勿燥，寒而勿凝，消而勿伐，補而勿滯的境界。比如補法，他認為，補法用於虛證，能補不足，促使患者康復。但虛有因虛而病，有因病而虛；有漸虛，有頓虛，還有先天、後天之別；又有陰陽、氣血、津液之分；五臟又各有虛證，所以要有多種補劑，針對使用。漫補達不到效果，補藥堆積也難達到效果，甚至導致胸腹脹滿，衄血便燥等不良反應，總結出了“氣以通為補，血以和為補”的指導原則。 蒲輔周壹生臨證近70年，積累了豐富的臨床經驗。對於內科疾病，他認為，內科是臨床醫學的基礎。他治內科，在遵崇仲景學說同時，並采擷歷代各家學派之長，如劉河間之寒涼，張子和之攻下，李東垣之溫陽，朱丹溪之滋陰，融眾長於壹爐，以補仲景之未備，開後學之法門。因此他能集思廣益，出奇制勝。他平素所治內科病例，大多是應邀會診，故多疑難雜癥，要取得顯效殊屬不易。但由於他醫理精通，經驗豐富和善於辨證論治，每能得心應手。
蒲輔周治療外感熱病，尤見獨到。臨床所見外感熱病，屬中醫傷寒、溫病範疇。自明清溫病學說形成，即有了傷寒學派與溫病學派之論爭。對於兩者的關系，蒲輔周認為，傷寒學說開溫病學說之先河，溫病學說補傷寒學說之未備，應當互為充實。傷寒與溫病是始異（傷寒是寒邪侵犯太陽經，溫病是溫邪首先犯衛），中同（寒邪入裏化熱，證屬陽明，治以白虎、承氣，溫病順傳氣分，治亦以白虎、承氣），終異（傷寒傳入三陰，治宜溫補，溫病入營血，灼傷津液，治宜清潤）。傷寒治以發汗解表，溫病治宜透達取汗，兩者均需顧及津液。這些心得和認識，使他在溫病學術上多所建樹，特別在指導治流行性乙型腦炎方面更多貢獻。
蒲輔周不僅精通內科，婦兒科亦為所長。他認為婦兒科與內科，只有見證的異同，而無本質的區別。由於婦、兒的生理、病理特性，婦女有經、帶、胎、產，兒童有麻、痘、驚、疳，其余疾病基本與內科相同，因此，他在精於辨證的基礎上，在婦兒科診治上也有獨到之處。
對於婦科，他以調理氣血為主，以舒肝和脾為樞機，運用寒則溫之，熱則清之，虛則補之，瘀則消之的大法，臨床取得了明顯的效果。
對於兒科病，蒲輔周特別強調小兒的生理特點。認為小兒屬稚陰稚陽，非純陽之體，易虛易實，易寒易熱，必須認真運用四診的診察手段，平脈息，察指紋，望面色，審苗竅，聽聲音，觀動作，綜合分析以得出正確診斷，並註意稚陰稚陽之體不任攻伐。兒童無七情內傷癥，但腠理不密，易感風寒咳嗽及急性烈性傳染病，腸胃脆弱，易得傷食傷冷之癥。蒲輔周診治的兒科疾病均為危重急癥，其救治之成功更體現了他在四診方面嫻熟的技術，其判斷之準確，用藥之精當，足堪兒科醫效法。