單純的敗血癥壹般不會有任何後遺癥。單純的敗血癥只要是治療得當，應該是沒有任何後遺癥的，日後寶寶會像健康的孩子壹樣茁壯成長。而復雜的敗血癥，例如合並腦膜炎、壞死性腸炎等，其後果，則視此器官被破壞的程度而有所不同，例如腦萎縮、水腦癥、聽力障礙、消化吸收不良、營養不足或是長期腹瀉等。
敗血癥常見的致病菌有金黃色葡萄球菌、肺炎鏈球菌、腸球菌、大腸桿菌、或肺炎克雷伯菌、脆弱類桿菌、白色假絲酵母菌等，小兒及免疫功能低下者的致病菌可以是表皮葡萄球菌。侵入人體的致病菌是否會引起敗血癥，與入侵菌的毒力、數量和人體防禦免疫功能有密切聯系。