醫院占地5萬平方米，房屋總面積6萬平方米，開放病床430張。職工800人，其中高級技術人員57人。設有臨床及醫技科室31個，年門診量50余萬人次。在冠狀動脈造影、支架植入、急性心肌梗塞溶栓介入治療、血液透析及血液凈化、椎間盤突出激光治療、高危妊娠診治、糖尿病診治、癌癥冷凍治療、腹腔鏡、前列腺疾病的治療等醫療項目上具有先進水平。
民航總醫院 1999年通過北京市三級醫院評審，是北京市醫療保險定點醫院、規範化服務達標單位和物價信得過單位。目前承擔著民航系統幹部職工以及朝陽區東部地區企事業單位職工、居民的醫療服務工作和航空疾病的治療與研究工作，在航空疾病的診治與護理方面位居行業前列。
民航總醫院是北京大學臨床醫學院和碩士研究生培養基地，承擔著北京大學醫學部心血管內科碩士研究生的培養以及臨床醫學專業留學生、本科生的教學和臨床實習工作。
民航總醫院始終堅持以病人為中心的宗旨，努力打造作風過硬、素質精良的醫護團隊，塑造以人為本、優質高效的服務品牌，以精益求精的態度和無私博愛的胸懷，向壹流隊伍、壹流管理、壹流技術、壹流服務的現代化綜合醫院和具有國際水平的中國民用航空醫學中心的奮鬥目標邁進。