壹、職責不同
1、疾控中心：主要開展疾病預防控制、突發公***衛生事件應急、環境與職業健康、營養健康、老齡健康、婦幼健康、放射衛生和學校衛生等工作。
2、防疫站：食品衛生及預防疾病的機構。對各種傳染病的控制和監測，並逐漸消滅了各種傳染病的發展和流行。
二、成立時間不同
1、疾控中心：1983年12月23日，衛生部報請國務院批準，成立中國預防醫學中心。1986年1月19日，中國預防醫學中心更名為中國預防醫學科學院。
2、防疫站：1953年1月26日，政務院第167次政務會議批準在全國範圍內建立衛生防疫站。
三、作用不同
1、疾控中心：由中華人民***和國國家衛生健康委員會主管的實施國家級疾病預防控制與公***衛生技術管理和服務的公益事業單位。
2、防疫站：由於職能的變化，各級衛生防疫站在2002年開始，陸續分離出衛生監督所（局）後，改稱為疾病預防控制中心（CDC）。至2004年，基本更名完成。衛生防疫站除在少數行業系統仍保留名稱外，基本已不再使用。
擴展資料：
疾病控制的中心使命：
其使命是通過對疾病、殘疾和傷害的預防控制，創造健康環境，維護社會穩定，保障國家安全，促進人民健康；其宗旨是以科研為依托、以人才為根本、以疾控為中心。
在衛生部領導下，發揮技術管理及技術服務職能，圍繞國家疾病預防控制重點任務，加強對疾病預防控制策略與措施的研究，做好各類疾病預防控制工作規劃的組織實施；
開展食品安全、職業安全、健康相關產品安全、放射衛生、環境衛生、婦女兒童保健等各項公***衛生業務管理工作，大力開展應用性科學研究，加強對全國疾病預防控制和公***衛生服務的技術指導、培訓和質量控制，在防病、應急、公***衛生信息能力的建設等方面發揮國家隊的作用。