早期階段，從時間上說，自遠古時代到春秋時代。這時期病因病機學說，尚未完全形成，還處於萌芽積累階段。因而，它是原始的、分散的、樸素的、自發的、缺乏系統的理論指導。
我們的祖先在“上古之世，民食果蓏〔luo音裸〕蚌蛤，腥臊惡臭，而傷害腹胃，民多疾病”(《韓非子·五蠹》)。正是由於有了火，就可以“炮生為熟，令人無腹疾”(《禮記》)。這不僅使人類有了質的進化，同時在改變飲食過程中，認識到飲食與胃腸病的關系了。再有，在那個時代，人類的居住條件的簡陋是可想而知的了。尤其是陰暗潮的環境，極容易引起壹些筋骨關節疾病。這在《昌氏春秋·古樂篇》中，對這種狀況有過這樣壹段描述：“昔陶唐之始，陰多滯伏而湛積，水道壅塞，不行其源，民氣郁閼〔e音惡〕者，筋骨瑟縮、不達，故作為舞以宣導之”。這壹段話是什麽意思呢？陶（在此讀yo音搖）。陶唐，即上古時期。在從前的上古時期，人們生活在陰暗潮濕的環境中，水濕滯著節肌肉，氣血郁塞不暢，形成“筋骨瑟縮”的病變。說明人們對水濕的環境容易導致筋骨關節疾病有了壹定的認識，所以發明舞以運動肢體的方法治療。這實際上是後世的按摩、導引等方法的先河。
但是，在有文字流傳以前，對古代的醫學情況我們還知道的很少。以上所舉的例子只能是根據傳說記錄而加以分析的。
我國目前發現的最早的文字，應該是甲骨文了。“甲即龜甲，“骨”是牛及其它動物的肩胛骨。是商朝時期，記載占蔔事由的古文字。到目前為止，出土的甲骨多達十六萬余片。據初步統計，其中關於疾病方面的記載，約有323片，415辭。從這些辭當中，我們可以看出商朝時期對疾病發生的原因已經有了很高的認識水平。如骨文中有蠱、齲〔qu音去〕等。蠱，《說文解字》：“腹中蟲也”，表示蠱證，是由於腹中寄生蟲所引起的。齲，表示牙齒上的窟窿，是由於蟲蛀所致。特別值得註意的是關於“疾年”、“雨疾”、“降疾”等的記載，這是世界上對流行病的最早認識。當然，以上這些記載，還遠遠不是商代醫學知識的全部，但是也足以表明當時對某些疾病的病因和流行的認識，已經達到相當可觀的水平。
到了西周時代，我國醫藥學已有了長足的進步醫學向著專業化發展，形成了壹套醫事管理制度。 在《周禮》這部書裏，就清楚地記載著當時宮廷醫生已經分為食醫、疾醫、瘍醫、獸醫。
食醫 ，管理飲食衛生的醫生，近似於現代的營養醫生。 疾醫 ，相當於內科醫生； 瘍醫 ，即外科醫生”。 獸醫 ，治療牲畜疾病的醫生。尤其難能可貴的，這壹時期形成了壹些科學的婚姻制度。例如，《周禮》就明確指出“男三十娶，女二十嫁”，“禮不娶同姓”。《左傳》這部書裏也有“男女同姓，其生不蕃”。這是現存文獻中最早的有關優生學內容的文字記載。從這裏可以看出，我們的祖先很早就懂得晚婚的好處和近親結婚給後代帶來的害處。也可以說對遺傳造成疾病的原始認識。
到了春秋時代，中醫藥學已經是以醫學理論體系形成為主要標誌的成熟期的前夕。當時的天文、歷算等科學技術已經有了壹定的發展，陰陽五行學說也已初步形成，這就給醫藥學的發展，創造了壹定的條件。同時，這也為病因病機學說的逐步形成奠定了基礎。我們可以從現存的有關古代文款中看出，當時人們對疾病的發生原因有了相當深刻的認識。初步認識到天象、節氣、氣候的變化和某些地區特殊的自然條件如水土等，與人體健康和發病有著重要的關系。例如，《周禮》壹書中有這樣壹段話，“春時有痟〔xiao音消〕首疾，夏時有癢疥疾，秋時有瘧寒疾，冬時有咳上氣疾”。說明在不同的季節裏可以有不同的多發病、常見病。春季的時候，多發頭部疾患，夏季的時候，氣候潮濕，容易得癢疥之類的疾病；秋季又容易得瘧疾和寒病到了冬季，容易得咳喘病。《禮記》壹書中進壹步指出：“季春行秋令，則民大疫”“季春行夏令，則民多疾疫”。疫，古代文獻中多指具有流行性傳染病。這就說明在那個時代，已經認識到對四時氣候的異常變化，可以引起疾病流行。另外，鄭國的子產，曾經針對巫術鬼神病因論的邪說，嚴肅指出了，疾病是“出入飲食衰樂之事也，山川星辰之神又何與焉？”齊國的晏嬰也說過：疾病是“縱欲厭私”的結果，並不是鬼神所造成的，所以，患病後祈禱是沒有用的。
隨著人們對自然界的認識，對地理條件、環境衛生與發病的關系，還逐漸有了新的理解。在《左傳》這部書中記載著“國人逐瘈狗”，證明當時對狂犬病能傳染給人，已經有了清楚的認識，所以采取“逐瘈狗”的預防措施。這部書中還記載著“土厚水深，居之不疾”和“土薄水淺……其惡易覯〔gou音構〕”等。惡，就是疾病。覯，結成的意思。某些水土等居住條件可以導致疾病的發生，這就需要改善環境衛生來預防疾病的發生。這壹認識水平，在世界醫學史上不僅是提出的最早，而且是非常突出的。
在這裏，特別值得提出的是 醫和 的“六氣致病說”。醫和是秦國的名醫，他在公元前514年給晉侯看病時，對疾病的原因做了壹次精彩的論述。我們根據《左傳》，把醫和的這段話節錄下來：“晉侯有疾…秦伯使醫和視之。曰：疾不可為也，是謂近女室。疾如蠱，非鬼非食，惑以喪誌。……公曰：女不可近乎？對曰：節之”。本段文字中的蠱、惑，是指神誌病變。女室，指房事而言，即後世所說的房勞。晉侯患了蠱惑的神誌病變，是由於房勞太甚所引起的。對房事必須要有節制。醫和緊接著又提出六氣在不正常情況下可以導致疾病的發生。他說：“天有六氣，降生五味，發為五色徵為五聲，淫生六疾。六氣曰：陰、陽、風、雨、晦、明也。分為四時，序為五節，過則為菑(zai通災)，陰淫寒疾，陽淫熱疾，風淫末疾，雨淫腹疾，晦淫惑疾，明淫心疾。”從醫和的這段話裏，可以看出下面幾個問題：
①以四時、五節、六氣等氣候變化作為主要病因的概念，已經形成了。如果結合前面我們所介紹的子產所說的疾病是“出入飲食哀樂之事”與晏嬰所說的“縱欲厭私”以及醫和所講的“近女室”等內容來分析，可以看出後世“三因說”的端倪了。
②“陽淫熱疾，陰淫寒疾”的論點，是形成後世“陽盛則熱、陰盛則寒”病機理論的前驅，而“風淫末疾、雨淫腹疾”的說法，對後世風邪導致四肢痛，雨濕可引起腹瀉等的理論有著主要的啟迪，也可以說是有著密切的淵遊關系。
③說明了五味、五色、五聲與“六氣”的聯系。這些概念給以後的診斷學，藥理學的形成也奠定了基礎。
④還可以看出，陰陽、五行學說和天人相應思想以及在醫學中的應用，也已初具雛形。
總之，醫和的“六氣致病說”是對以前大量而散在的經驗，進行了壹次系統的總結，對後世發病學說起著奠基的作用。在中醫病因病機學說的發展上占有重要的位置。
我國進入到戰國時代，開始了封建社會。從戰國經秦漢至三國的七百多年間，我國的政治、經濟、科學文化都得到了很大發展，尤其在醫藥學方面，更是發生了質的飛躍。在以往長期醫藥實踐經驗不斷積累豐富的基礎上，進入了理論總結階段。《黃帝內經》的產生，標誌著醫學理論體系的形成；張仲景《傷寒雜病論》的問世，在臨床醫學上確立了辨證論治的原則；《神農本草經》的成書，是我國藥物學第壹次進行了系統的總結；扁鵲、諄於意、華佗、張仲景等名醫的大量湧現，說明醫藥學發展到嶄新的階段。總之，先秦兩漢時期，是我國醫學發展的關鍵時刻，它使零散的醫藥經驗，上升成為系統的理論，對前代是壹次歷史性的大總結，對後世是全面奠定基礎的重要歷史階段。
病因病機學說在這樣的條件下，發展為形成階段。這階段的主要表現為；壹是具有系統而完整的理論指導；二是內谷完善，並對臨床實踐有著重要的實用價值。我們不妨首先看-看《黃帝內經》中關於病因病機的論述。
《黃帝內經》包括《素問》和《靈樞》兩部分。由於它是來漢以前醫學的總結，又不是出自壹人壹時之手，所以其內容相當豐富、翔實。壹直是中外醫家視為經典的主要著作。僅就病因病機學說來說，大致可歸納以下幾方面。
提出了四時陰陽與發病的關系，以及四時中的常見病證強調指出了“自古通天者生之本，本在陰陽”(《素問·生氣通天論》)。所以人們必須要“和於陰陽，調於四時”，違背了四時陰陽，就會引起疾病的發生。例如，“逆春氣”，則“肝氣內變”；“逆夏氣”，則“心氣內洞”；“逆秋氣”，就會“肺氣焦滿”“逆冬氣”，影響腎臟，出現“腎氣獨沈”的變化，等等。《內經》在這方面的內容很多，不能壹壹列舉了。同時，《內經》中還有“五運六氣”學說，聞明了氣候的周期性變化與某些疾病的發病規律，並用來解釋了某些疾病出現周期性發生的原因。《內經》系統地講述了“六淫”學說。認為自然界氣候風、寒、暑、濕、燥、火，在不正常的情況下可以引起疾病的發生。這壹點和醫和“六氣”致病說，既有淵源關系，又有區別。壹直到今天，我們仍把“六淫”做為病因學說的重要內容。
人類的意識和思維，中醫統稱為神誌。《內經》突出地強詡了精神心理困素與疾病的關系。擼出“百病生於氣也”。並分別指出喜、怒、憂、思、悲、恐、驚等七情，對臟腑氣血的影響。
《內經》還對地理環境、飲食勞倦、人類體質與疾病的關系做了詳細論述。同時從多方面論述了病機的變化規律，並總結出著名的病機十九條。特別應該提出的是《內經》中關於“邪之所湊，其氣必虛”，“正氣存內，邪不可幹”的命題，至今仍體現出重要的意義。從整體觀念出發，闡明了疾病的發生，是由於機體內的動態平衡和正常的升降出入的氣化功能到破壞所造成的，這是疾病的根本原因和內在根據。
從以上的簡單介紹，使我們不難看出，《內經》的出現，就使中醫病因病機學說發展到具有獨到特色的科學學說。
東漢時期的張機(仲景)所編寫的《傷寒雜病論》，也是我國醫學發展史上影響最大的著作之壹。這部書被歷代醫家奉為“經典”，張仲景被尊稱為醫聖。《傷寒雜病論》流傳到晉朝，則分為《傷寒論》和《金匱要略》兩部書了。以它辨證論治的特點，發揮著指導臨床的重要作用。其中關於“六經”學說，不僅是急性熱病辨證論治的綱領，也是病機學說的重要內容，揭示出急性熱病病理機轉的規律。同時，在《金匱要略》中，最早提出了三因致病說。我們可以看看這樣壹段話：“千般災難，不越三條：壹者，經絡受邪，入臟腑，為內所因也；二者，四肢九竅，血流相傳，壅塞不通，為外皮膚所中也；三者，房室、金刃、蟲獸所傷，以詳之，病由都盡”。這為中醫的病因學說作出了很大的貢獻。
我國醫藥學到了西晉以後，進入全面發展時期。從病因病機學說的歷史上分，也可以說是成為發展階段。為了看清病因病機學說的發展階段的狀況，我們對幾部代表著作進行下介紹。
《諸病源侯論》是這壹階段的第壹部代表著作。它是隋朝巢元方等人的集體作品，全書***50卷，分67門，論述了1739種病候。內容豐富，對魏晉以來的醫療經驗做了詳盡的總結。對各種疾病的病因、癥狀、診斷和預後，都進行了詳細的論述。對疾病記載的廣泛與詳實，是該書的最大貢獻。
其中，對於病因的認識，除繼承了前人的寶貴經驗外還根據臨床經驗，進行了新的理論探索。如該書的“瘟病侯”中認為，某些傳染病是由外界有害物質因素“乖戾之氣”所引起的。這些物質還能“多柏染易”。對壹些病源的認識，頗具有真實性。例如，關於寄生蟲病的感染，明確指出疥瘡中“並皆有蟲”，又說患寸白蟲(絳蟲)病，是因吃不熟的牛肉所引起的。“漆瘡侯”中說：“人有稟性畏漆，但見漆便畏其毒……，亦有性自耐者，終日燒煮(漆)，竟不為害也”。說明本病的發生，與人的體質稟賦有關。這實際上是對過敏體質的具體分析。
南宋的陳言(無擇)所編著的《三因極-病證方論》簡稱《三因方》，在病因學發展史上占有突出的位置。主要貢獻在於進壹步闡述了“三因致病說”。他把復雜的病因分為三類。壹為內因，即喜、怒、憂、思、悲、恐、驚，內傷七情，發自臟腑，外形於肢體二為外因，即風、寒、暑、濕、燥、火，外感六淫，起於經絡，發於臟腑；三為不內外因，實際上是指六淫之外的外因，包括飲食饑飽，呼叫傷氣、虎狼蟲毒、金瘡所傷，以及其他偶然性因素之類。這種分類方法雖然與東漢張仲景在《傷寒雜病論》中的分類方法略同，但內容有很大發展。也就是對各類的病闥概括得更加具體，包括的範圍也比較全面，因此更符合臨床實際。它使中醫病因學說更加系統化、理論化了。三因分類的原則，壹直為後世病因著作所遵循關於病因學說，自《黃帝內經》以來，歷代都有所發展。
特別是唐朝王冰註釋《內經》時，把“七篇大論”補加進去以後，病機十九條，就成為後世論述中醫病機學說的主要依據了。宋元時期的醫家們結合臨床體會，對病機學說又有具體的補充和發展。如劉完素(河間)提出了六氣皆從火化的論點，並把《內經》病機十九條的三十八種充實為九十七種；
朱震享(丹溪)更從內在火熱的病機研究中，提出了“相火妄動”，“煎熬真陰”的論點；李杲(東垣)則是強調了內傷脾胃，“百病由生”。這些病機理論，大都被後世明清醫家所繼承與發揮。這就使病因學說向著更高的水平發展著。
金、元時期，開始出現了治療溫病的新觀點。尤其是劉完素(河間)明確提出，熱病初起不可峻用辛溫大熱之藥，主張采用辛涼之法以表裏雙解，養陰清熱，並且制定了雙解散等方劑，突破了以往外感熱病初期辛溫解表和先表後裏的治法。明朝初年，王履提出“溫病不得混稱傷寒”，認為溫病是伏熱自內而發，應以清裏熱為主。這航形成溫病進壹步從傷寒學說區分出來的趨勢，為以後建立獨立的溫病學體系，提供了理論與實踐的依據。
明、清時期，溫病學說逐漸成熟，形成了獨立的溫病體系。而在這個過程中，明代的吳有性(又可)創立“戾氣”學說，是對溫病病因提出的偉大創見
在《傷寒論》以前，中醫對熱性病病因的認識，多是按“傷於寒”來理解，如《內經》說：“凡熱病皆傷寒之類也。”所以直至《傷寒論》以後，就把這類疾病統稱為“傷寒”。
從晉朝以後，又有所謂“四時不正之氣”的說法，也就是冬天應該寒冷，但是反而溫暖，或者是春天應該溫暖，反而寒冷等，造成疾病的發生。這就出現了“時行病”、“天行病”、“時氣病”等病名。可是這類疾病與傷寒病的界限仍然是混淆不清的。後來，又有“癘氣”、“瘴氣”等說法，但是，這些都是專指某些特殊的疾病，如瘧疾等，不是指般的熱性病，更沒有明確指的是溫病。到了明朝末年，吳又可《瘟疫論》的出現，才第壹次提出了壹個嶄新的病原學說。這不僅豐富了中醫病因學說，同時為溫病學的形成做出了創造性的貢獻。
吳又可首先提出疫病是由“戾氣”引起的。他在《溫疫論》的自序裏，開首第壹句話就明確地寫到：“夫瘟疫之為病，非風，非寒，非暑，非濕，乃天地間別有壹種異氣所惑。”他把這種異氣又叫做戾氣、雜氣或疫氣。這就突破了明朝以前的醫家對瘟疫病病因所持的時氣說、伏氣說、瘴氣說，以及百病皆生於六氣的論點。吳又可認為戾氣是具有物質性的，並且可以采用相應的藥物制服。戾氣的傳染途徑是通過口鼻侵犯人的機體內，而侵入人體後能不能發病，又決定於戾氣侵入的量多少，毒力的大小和人體的抵抗力的強弱。戾氣又是多種多樣，“為病種種，難以枚舉”。戾氣的種類不同，所以引起的疾病也不同，侵犯的臟器部位也不壹樣，這是對病原物特異性定位的認識。吳又可還指出戾氣具有“偏中性”。他說：“偏中於動物者，如牛瘟、羊瘟、雞瘟、鴨瘟，豈當人疫而已哉？然牛病而羊不病，雞病而鴨不病，人病而禽獸不病。究其所傷不同，因其氣各異也。”這實際上是對病原物種屬感受性或種屬免疫性的認識。不但如此，他還認識到痘疹與疥瘡等外科感染性疾患也是戾氣所引起。從以上可以看出，“戾氣”學說的內容是相當全面的，它對傳染病的病因和發病特點，基本上都講到了。應當指出的是，在世界上尚未發現細菌和其它微生物的時代，吳又可能有這樣如此科學的創見，的確是難能可貴的。這不能不說是偉大的見解。
繼吳又可之後，相繼湧現出壹大批著名的溫病學家，如葉桂(天士)、吳瑭(鞠通)、薛雪(生白)、王世雄(孟英)等。他們根據溫病的臨床特點，從不同角度上闡發了自己的學術見解，從而使溫病學得以完善。
首先說明壹下什麽是溫病？溫病是由溫熱病邪引起的，熱象偏重，容易化燥傷陰的壹類外感疾病。這類疾病雖然致病原因各異，發病季節不同，癥狀表現不完全壹致，但是它們在發病過程中都具有溫熱性質的特點，所以總稱為溫病。
溫病學在病因學說上做出創造性的發展，指出致病原因是外感溫熱之邪。除去在前面介紹過的吳又可獨具創見的戾氣致病說以外，還對風熱、暑熱、濕熱、燥熱、溫毒等病邪賦予新意，發展了傳統的“六淫”概念。這就使溫病病因學說的意義，已經不僅僅局限於說明溫病的發生原因，而更重要的是在於指導臨床“辨證求因，審因論治”，豐富了祖國醫學的內容。
溫病的發病具有傳染性、流行性、季節性以及地域性。其發生發展的過程具有壹定的規律性。發病後的臨床表現概括為兩大類，是新感，壹是伏邪。感受外邪即時發病的稱為新感；感受外邪沒有即時發病，伏藏人體，過時而發病的稱為伏邪。同時，葉天士對溫熱病的發病和病機提出了衛氣營血的辨證規律。吳鞠通對溫熱病的病機，認為是以上、中、下焦而變化的王孟英對濕熱病的病因病機認為是既受濕，又感暑，也就是濕溫。當然也有濕邪久伏而化熱者。這些理論的實際意義，主要是從理論上闡明溫病致病病因，初起的不同發病類型，區別了病變的深淺輕重，揭示出病機的傳變趨勢，為辨證論洽確立了法則，為中醫病因病機學說增添了光輝的壹頁。
以上是我們從病因病機學說的早期階段，形成階段和發展階段，作了簡略的介紹，使我們對病因病機發展史和各種學術論點的淵源關系有了大概的了解，希望讀者在學習病因病機學說時少走彎路，理解的更清楚、收獲更大壹些。