將牙線兩端繞手兩只手指上，把牙線帶進牙縫，手指帶動牙線對牙齒與牙齦的縫隙進行清理。具體操作如下：
壹、壹端繞在中指的第二指節約兩圈，距離約20公分處再繞兩圈於另壹手中指之第二指節，如下圖。
二、翻轉兩手，使掌心向外，同時伸直兩手拇指與食指，使它們呈壹直角四方形，同時拇指輕輕接觸並與牙線平行，這便是牙線在兩中指間的適當長，同時這也是操作牙線的基本手勢。
三、牙線越過壹手食指與另壹手拇指頭上多肉的地方。兩指間保持1公分長的牙線。
四、兩手指打直，指甲對指甲，把牙線帶進牙縫。
五、把牙線繃緊牙齒的鄰接面使其略成C形上下刮，兩指同時上下運動。
六、以同樣的方式，來清理同壹牙縫的另壹面。
註意事項
清理時註意牙線與牙縫的力道，不需要因為清潔不到傷害到牙齦，導致出血。牙結石嚴重者可至牙科處進行清洗。