甘肅省衛生廳設14個內設機構：
辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作以及安全保密、值班、機關財務和資產、政務公開、來信來訪、衛生統計與信息化建設等工作。
人事處
擬訂衛生人才發展規劃和政策並指導實施；承擔廳機關和直屬單位的人事管理、幹部隊伍建設和機構編制管理等工作；會同有關部門開展衛生專業技術人員資格認定、職稱評定等工作；組織指導衛生管理幹部崗位培訓工作；負責管理機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。
規劃財務處
擬定全省衛生事業發展規劃，指導實施區域衛生規劃工作；統籌規劃和協調全省衛生資源配置，管理大型醫用裝備配置；提出醫療衛生服務價格、藥品價格、基本醫療保險費用結算等政策建議；負責全省藥品、醫用耗材和器械集中統壹招標采購管理等工作。
衛生法制與監督處
起草地方性衛生法規草案和部門規章草案，組織擬訂衛生政策和標準；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關行政復議和行政應訴工作；指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責職業衛生、環境衛生、放射衛生、學校衛生、消毒產品和涉及飲用水衛生安全產品等監督管理工作；負責傳染病防治監督；依法開展醫療服務市場的監督檢查;組織調查、處理重大公***衛生事件和違法案件。
衛生應急辦公室
擬訂衛生應急規劃、制度、預案和措施，負責指導、協調全省衛生應急處置工作;對重大災害、恐怖、中毒事件以及放射事故等重大安全事件進行衛生應急處置工作；負責重大傳染病的防控及不明原因疾病的調查處理工作；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
疾病控制處
擬訂全省重大疾病防治規劃、國家免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作。
農村衛生管理處
承擔綜合管理農村基本衛生保健工作，擬訂有關政策、規劃並組織實施；指導全省農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實；負責新型農村合作醫療的綜合管理工作。
婦幼保健與社區衛生處
擬訂婦幼衛生、社區衛生、健康教育的政策、規劃、規範並組織實施；擬訂婦幼衛生技術標準；對婦幼保健實施監督管理，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作。
醫政處
擬訂醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準，並組織指導實施；落實醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；參與藥品、醫療器械臨床試驗管理；負責血液安全的監督管理，推動無償獻血工作；貫徹實施國家基本藥物制度。
科教處
擬訂全省醫學科技、教育發展規劃，組織實施全省重點醫藥科研攻關項目；指導醫療衛生方面的技術推廣和科學普及工作；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；指導中等醫學教育；承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作；指導和協調醫療衛生學術團體工作。
外事處
承擔組織指導衛生方面的政府與民間的多雙邊合作交流和衛生援外有關工作；組織協調醫學衛生領域的對外交流與合作；承擔與港澳臺的衛生合作工作。
宣傳處
承擔衛生宣傳教育工作；負責衛生新聞發布和政策解讀；負責行業精神文明建設；承擔綜合衛生發展政策研究和決策咨詢工作。
醫療服務監管處
承擔醫療機構醫療服務的監管工作，建立醫療機構醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務、財務監督和評價等工作；建立健全以公益性為核心的公立醫院監督制度，承擔推進公立醫院管理體制改革工作。
食品安全綜合協調處
組織擬訂食品安全標準；承擔組織查處食品安全重大事故的工作；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；擬訂食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範；承擔重大食品安全信息發布工作。 甘肅省衛生廳機關行政編制為81名。其中：廳長1名、副廳長5名（其中1名兼任省食品藥品監督管理局局長）、紀檢組長1名，處級領導職數31名（含機關黨委專職副書記1名）。
紀檢、監察機構的人員編制和領導職數，按省編辦、省紀委甘機編辦發〔2006〕34號文件規定執行。