1、標準不同
有機奶粉是指嚴格按照有機農業標準生產的奶粉，來自於有機農業生產體系，根據國際有機農業生產要求和相應的標準生產加工的而成。
配方奶粉又稱母乳化奶粉，滿足嬰兒的營養需要，在普通奶粉的基礎上加以調配的奶制品。以牛乳為基礎之嬰兒配方奶，適用於壹般的嬰兒。
2、要求不同
有機奶粉的生產過程，不允許使用任何激素和抗生素。有機奶粉生產不僅要進行產地認證、大氣認證、環境認證，還要進行對奶牛飼養過程監管認證，並在有機標準的情況下按規範來生產的，極為嚴格。
配方奶粉是為了滿足嬰兒的營養需要，在奶粉中加入各種營養成分，以達到接近母乳的效果。與普通奶粉相比，奶粉在配方中去除了部分酪蛋白，增加了乳清蛋白。
3、制作工藝不同
有機奶牛的生長過程符合生物自然法則，只在哺乳期產奶。和普通奶牛相比，其產出的牛奶富含天然營養成分，如鐵質、礦物質及維他命等。有機奶牛的飼草都是有機飼草，其營養價值較普通牧草要高，而且屬於有機範疇，安全程度更高。
配方奶粉去除了部分酪蛋白，增加了乳清蛋白；去除了大部分飽和脂肪酸，加入了植物油，從而增加了不飽和脂肪酸，DHA，AA；配方奶粉中還加入了乳糖，含糖量接近人乳；降低礦物質含量，減輕嬰幼兒腎臟負擔；還添加了微量元素、維生素、某些氨基酸或其他成分，使之更接近人乳。
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