食品生產許可證也就是通常所說的QS，是針對食品生產加工環節、生產區域而言申請的，並且是針對生產性質的組織頒發的證書。比如比如從事糕點、豆制品、白酒、乳制品、特殊膳食食品、特殊醫學用途配方食品、嬰幼兒配方食品等等生產活動的企業法人、合夥企業、個人獨資企業、個體工商戶等，需由市壹級食藥監局審核辦理食品生產許可證，縣區級食藥監局提供咨詢服務。
食品經營許可證是針對食品銷售流通環節、銷售區域而言申請的，凡是從事食品銷售和餐飲服務活動，應當依法取得食品經營許可。比如我們經常看見的飯店、商店、大學超市、冷飲店、面包店等等都是需要辦理食品經營許可證的。凡是涉及到食品銷售流通的都需要辦理該項許可證，基本上個體工商戶、個人獨資企業都是需要辦理的，由藥監局下放資質。
食品經營許可證與食品生產許可證的主要區別是，食品生產許可證有審查細則，需要有產品標準、出廠檢驗的能力等硬件條件。食品經營不需要遵守這個細則的規定，可以看出兩個證照的在辦理上都是都是為了保障、規範食品行業，從而保障我們的食品安全和衛生。
法律依據
《個體工商戶登記管理辦法》
第二十四條 個體工商戶營業執照（以下簡稱營業執照）分為正本和副本，載明個體工商戶的名稱、經營者姓名、組成形式、經營場所、經營範圍、註冊日期和註冊號、發照機關及發照時間信息，正、副本具有同等法律效力。第二十八條 有下列情形之壹的，登記機關或其上級機關根據利害關系人的請求或者依據職權，可以撤銷個體工商戶登記：
（壹）登記機關工作人員濫用職權、玩忽職守作出準予登記決定的；
（二）超越法定職權作出準予登記決定的；
（三）違反法定程序作出準予登記決定的；
（四）對不具備申請資格或者不符合法定條件的申請人準予登記的；
（五）依法可以撤銷登記的其他情形。
申請人以欺騙、賄賂等不正當手段取得個體工商戶登記的，應當予以撤銷。
依照前兩款的規定撤銷個體工商戶登記，可能對公***利益造成重大損害的，不予撤銷。
依照本條第壹款的規定撤銷個體工商戶登記，經營者合法權益受到損害的，行政機關應當依法給予賠償。