醫院現設臨床、醫技科室35個，展開床位960張。門診設置齊全，設有普通門診、專科門診和專家門診，可滿足不同層次人員的需要，並在番禺大石設有壹所分院。醫院還擁有武警部隊急診外科研究所、耳鼻咽喉中心、計劃生育優生優育技術中心、泌尿道結石防治中心、信息管理軟件研究中心。