孕期小孩腦部有囊腫可能是由於遺傳、環境汙染、胚胎發育異常或孕期感染等因素導致。如果父母或其他親屬有腦部囊腫病史，胎兒發生腦部囊腫的概率會增加。孕期接觸有害物質，如射線、藥物、病毒等，可能對胎兒腦部發育造成影響，導致囊腫形成。此外，胚胎發育過程中出現異常，或孕期發生病毒感染，也可能導致囊腫的形成。