腦栓塞的治療應包括對於原發病即栓子來源器官病變的治療和腦栓塞的治療兩部分。腦栓塞的治療主要在於改善腦循環，減輕缺血缺氧所致的腦損害。各種治療措施與腦梗死大致相同，由於腦栓塞極易發生梗死後出血，故抗凝治療必須慎重。這是介紹治療時必須註意的問題。
1.壹般處理
(1)腦栓塞患者壹般較重，應臥床休息，盡量少搬動患者。患者如煩躁不安，可用鎮靜類藥物，但劑量不宜太大，以免影響意識水平的觀察。不用抑制呼吸的鴉片類藥物，在顱內壓增高的情況下用這類藥物會導致呼吸突然停止。
(2)保持呼吸道通暢和心臟功能：及時清除患者口腔和鼻腔中的黏液、嘔吐物等。如發現患者通氣功能欠佳或氧分壓減低，應及時插入氣管套管，加壓給氧，或考慮作氣管切開術，使用人工輔助呼吸器。由於栓子多數來源於心臟，所以應特別註意心臟情況，維持正常心功能，最好有心電監護，以排除因心律異常而導致的血液循環障礙，也便於及時發現心律變化。
(3)註意營養狀況，保持水和電解質的平衡：由於腦栓塞發病急，病情重，早期常有意識障礙、嘔吐頻繁，則可暫禁食48h，以免發生吸入性肺炎。72h後，如果患者仍不清醒可采用鼻飼飲食，以牛奶、豆漿等流食為主，液體進入總量每天約2000ml。如合並有心臟病者，則液體量可限制在1500ml。
(4)加強護理防止肺炎、泌尿系感染和褥瘡等並發癥的發生。
2.脫水降顱壓是治療腦栓塞的主要措施之壹，目的在於減輕腦水腫，防止腦疝形成，以降低病死率。常用的是高滲脫水劑、利尿藥和腎上腺皮質激素。高滲脫水劑以20%的甘露醇為最常用，通常以125～250ml快速靜脈滴註，根據病情可每6～8小時1次，反跳現象較輕，顱內壓能降低46%～55%。缺點是有增加血容量的作用，如果是心源性腦栓塞，尤其合並心功能不全時，容易加重心臟負擔，從而加重病情。這種患者可以合理選用利尿藥如呋塞米(速尿)或利尿酸鈉等，也常用以降顱壓，特別是伴有心力衰竭的患者，效果較好。副作用是易引起電解質紊亂，應註意糾正。如無禁忌也可選用激素類藥物，如地塞米松10～20mg，加入液體靜脈點滴。
3.血管擴張藥部分作者主張用效果確實、作用快速的藥物。在適應證的控制上應比動脈粥樣硬化性腦梗死更嚴格，若有意識障礙、顱內壓增高或腦脊液有紅細胞，禁忌應用;病程已超過24h或心功能不全者，也不宜使用。常用的有罌粟堿、煙酸、碳酸氫鈉或山莨菪堿(654-2)靜滴，二氧化碳氣體間斷吸入和口服桂利嗪(腦益嗪)、雙氫麥角堿(海特琴)或桂利嗪(肉桂哌嗪)等，以促進側支循環，增加缺血區的局部血容量。
但是也有作者認為，在急性期，病竈部位由於乳酸和二氧化碳等代謝產物的積蓄，引起局部組織酸中毒，導致局部血管擴張，即過度灌註綜合征。如果在此時使用腦血管擴張藥，會使病竈遠處的血管擴張，相反的引起病竈部位的血流減少，即引起腦內盜血綜合征。所以壹般不主張使用腦血管擴張藥。如果要用，則應當早用，超過24h就不宜再用，以免產生腦內盜血綜合征。
4.抗血小板聚集劑阻止血小板的聚集，有助於預防心內新血栓的形成，防止血管內血栓繼續增殖擴展，故在腦栓塞發病後就必須重視使用抗血小板聚集劑。通常可選用阿司匹林、雙嘧達莫(潘生丁)、磺吡酮(苯磺唑酮)等。阿司匹林在體內能抑制血小板的許多功能，包括二磷酸腺苷等的釋放反應，自發性的血小板凝聚和前列腺素G2在血小板內的合成等。劑量50～75mg，1次/d，飯後服。服用時需觀察胃腸道反應，潰瘍患者禁用。婦女患者服用此藥效果不好。右旋糖酐40(低分子右旋糖酐)可對抗血小板的凝聚，減低血液黏稠度和改善微循環，但高分子化合物能增加血容量，對心臟病或腎病患者應減少壹半劑量應用，以免引起心力衰竭。
5.抗凝及溶栓治療應用抗凝及溶栓療法，比動脈粥樣硬化性腦梗死的適應證更嚴格，考慮溶栓劑易發生出血的並發癥，應特別慎用。由於臨床上心源性腦栓塞最多見，為預防心內形成新血栓以杜絕栓子的來源，同時防止腦血管內的栓子或母血栓繼續增大，以避免腦梗死範圍擴大，多采用抗凝治療。對慢性風濕性心臟病伴心房顫動者，較長期用有助於防止腦栓塞再發，且有預防心臟手術並發腦栓塞的作用。有人主張對心肌梗死所致者只短期使用，通常為6個月或更短即可。炎癥性病變所致的腦栓塞，如亞急性感染性心內膜炎等，禁忌應用。
通常在嚴格觀察出、凝血時間，凝血酶原活動度和時間的條件下，先給予肝素鈣(低分子肝素)治療，也可選用新雙豆素，劑量應隨時調整。
6.頸星狀交感神經節封閉部分專家建議頸星狀交感神經節封閉能減輕腦栓塞的癥狀。操作簡易，無需特殊的器械和藥物，故常被采用。但是治療應早期進行，開始越早，療效就越佳，臨床常見在起病24h內封閉可明顯好轉。壹般1次/d，約10次為1療程。其治療機制是阻滯頸星狀交感神經節後纖維，能使腦血管擴張，以解除梗死竈周圍的血管痙攣，也可促使栓子移向小血管而縮小腦梗死的範圍。對年輕的無動脈硬化患者療效較好。
頸星狀交感神經節封閉的方法是患者仰臥，頸背下墊壹小枕，使頸部過伸，穿刺點位於病變側胸鎖乳突肌內緣距鎖骨上2橫指處，以碘酊及酒精消毒皮膚，鋪上孔巾，用0.5%的普魯卡因作局部皮下浸潤麻醉，以左手食指和中指分開將胸鎖乳突肌和其下的頸動脈拉向外側，右手持22號針垂直刺入;當針尖觸及橫突時，將針後退少許，約1cm，再向內及後下方徐徐刺入，直抵脊柱第6頸椎體外側;稍後退抽吸，無血液、腦脊液及氣體，即可緩慢註入0.5%～1%的普魯卡因10～20ml，封閉成功，在10～15min內可出現同側Horner綜合征。
通常應註意先行普魯卡因皮試以排除過敏，穿刺部位不能過低，以防刺入脊髓蛛網膜下隙、頸或椎動脈、頸靜脈、肺尖等。嚴重肺氣腫者禁用，如患者已開始抗凝治療也不宜使用。
7.神經保護劑缺血超早期，神經元膜離子轉運停止，神經元去極化，鈣離子內流導致興奮性氨基酸增多，加劇鈣離子內流和神經元去極化，致細胞的結構破壞。
(1)鈣通道阻滯藥：尼莫地平，20～40mg,3次/d;尼莫地平(尼莫通)，30g,3次/d;桂利嗪(腦益嗪)，25mg，3次/d等。低血壓者和顱內壓增高者慎用。
(2)興奮性氨基酸受體拮抗藥：如鎂離子鹽。
(3)自由基清除劑：維生素E、甘露醇、CuZn-SOD、Mn-SOD等。
(4)神經營養因子：如神經營養因子(NTF)、NGF轉化生長因子(TGFS)等。
(5)神經節苷脂：主要是單唾液酸四己糖神經節苷脂(GM1)等。
8.亞低溫治療在急性期，如條件允許可考慮適當早期給予亞低溫治療。亞低溫對缺血性的腦損傷亦有肯定意義，不但減輕梗死後的病理損害程度，而且能促進神經功能恢復，並不產生嚴重的並發癥。盡量在發病6h內給予。
9.康復治療宜早期開始，病情穩定後，積極進行康復知識和壹般訓練方法的教育，鼓勵患者樹立恢復生活自理的信心，配合醫療和康復工作，爭取早日恢復，同時輔以針灸、按摩、理療等，以減輕病殘率提高生存質量。尤其是日常生活訓練如進食、洗臉、梳頭、穿衣、刷牙和寫字等。同時要使患者、家屬了解有關康復知識，恢復自我的耐心、信心和毅力，這樣有利於康復。
10.其他治療
(1)調整血壓：多強調血壓降到病前基礎血壓水平，不宜過低。在高血壓腦病時也應註意此點。常用25%的硫酸鎂10ml，靜脈點滴，或其他比較緩和的降壓藥物。
(2)腦代謝賦活劑：廣泛應用於急性腦血管病患者，常用的有腦蛋白水解物、胞磷膽堿(胞二磷膽堿)、三磷腺苷(三磷酸腺苷)、輔酶A等。
(3)抗感染治療：對於由亞急性感染性心內膜炎、敗血癥及其他感染所致腦栓塞，必須根據可能的病原，采用足量有效的、敏感的抗生素治療。最好根據藥物敏感試驗，來選擇適當的抗感染藥物。
(4)氣栓處理時患者應取頭低、左側臥位，如為減壓病應盡快行高壓氧治療，減少氣栓，增加腦含氧量，氣栓常引起癲癇發作，應嚴密觀察並抗癲癇治療。脂肪栓處理可用擴容劑、血管擴張藥靜脈滴註。
(二)預後
腦栓塞的預後取決於栓塞腦血管的大小、部位和栓子的數量，以及原發病的嚴重程度。腦栓塞急性期病死率為5%～15%，多死於嚴重腦水腫、腦疝、肺部感染和心力衰竭。心肌梗死所致腦栓塞預後較差，存活的腦栓塞病人多遺留嚴重後遺癥。如栓子來源不能消除，10%～20%的腦栓塞病人可能在病後10天內再發，反復發作的腦栓塞的死亡率高於首次發作者，預後不好。