中醫臨床應用鮮藥的歷史，可追溯到秦漢時期。我國現存最早的古醫籍帛書《五十二病方》中就有“取薯蕷莖幹治二升，取薯瓜汁二鬥以漬之，以為漿，“飲之”，治療牝痔（肛邊生瘡而出血者）。薯瓜（山藥）汁的應用，是為用鮮植物藥自然汁療法的第壹個範例。這是通過服用鮮藥漿汁內服以治外科病的方法。
漢·張仲景的《傷寒論》中，鮮藥生姜被靈活應用於多種病癥中。如：桂枝湯中生姜用於助桂枝解肌散邪並能暖胃止嘔；治“發汗後，水藥不得入口為逆…… ；若嘔者，梔子生姜豉湯主之”，用生姜配合豉子梔湯以治發汗太過致嘔逆之證。鮮藥生姜，《本草綱目》記其有“生用發散”的功效。此外，還有用於少陰病厥逆重證的“白通加豬膽汁湯”，取鹹寒苦降之豬膽汁，以引陽藥入陰解陰陽格拒之勢，且有滋陰養液之用。可見仲景是非常註重鮮藥獨特臨床功效的應用。
唐代醫家，“藥王”孫思邈所著《備急千金要方》、《千金翼方》中，十分註重鮮藥的應用。孫氏應用鮮藥，不僅治病涉及病種多，用藥品種也多。如《千金要方》：生淡竹葉、生淡竹茹、生艾葉（卷三婦人方下）；《千金翼方》：生桔梗（卷五婦人壹）、生艾（卷八婦人四）。《千金要方》載有“蘆根引方”：生蘆根、生竹茹、粳米、生姜，以治傷寒後嘔噦反胃及幹嘔不下食之證。在《千金翼方》“薄荷”條下，有“亦堪生食，人家種之飲汁發汗大解勞乏”的記載。
在鮮藥臨床應用的發展過程中，溫病學派對鮮藥的應用達到了壹個鼎盛時期，對鮮藥的臨床實踐與理論也進行了更深入的探索，使鮮藥的臨床使用更趨廣泛。清代溫病學家薛生白，在其著作《濕熱論》中，
對濕熱證的治療，處方中多加用鮮藥，如鮮荷葉、銀花露、鮮菖蒲、鮮稻葉、西瓜白汁、鮮生地汁、鮮蓮子等。這些鮮品藥物中多味辛而有芳香之氣，氣味辛香發散則能化濕醒脾，且鮮品藥寒涼之性更強，能清熱開竅養陰生津，故用於治濕熱之證往往能起到點睛之妙。吳鞠通的《溫病條辨》卷壹“太陰溫病，口渴甚者，雪梨漿沃之；吐白沫粘滯不快者，五汁飲沃之”，雪梨漿方即用甜水切薄後放涼開水中浸半天以飲服，五汁飲方則由梨汁、荸薺汁、鮮葦根汁、麥冬汁、藕汁或蔗漿組成。兩方均直接用甘涼輕清之鮮品以滋陰補液，分別用“甘冷法”及“甘寒法”治上焦溫熱病熱盛陰傷之證。此外，吳氏名方“清絡飲”（鮮荷葉邊、鮮銀花、西瓜翠衣、鮮扁豆、絲瓜皮、鮮竹葉心），用辛涼芳香之法，“凡暑傷肺經氣分之輕皆可用之”。
近現代，鮮藥的應用出現了壹個間進式發展時期。江浙著名醫家丁甘仁，不管傷寒或溫病，尤善辨證應用鮮藥。如在《丁甘仁醫案》中有載：在辨證用方基礎上加用鮮生地、鮮石斛以生津清熱，治傷寒“熱深厥深”之證；在風溫燥痰傷陰的治療方中加用絲瓜絡、枇杷葉露（沖）以“清燥救陰”等。此外，解放前後北京著名四大名醫尤為推崇鮮藥的應用。至1965年9月，中***中央批準衛生部黨委關於把衛生工作重點放到農村的報告，隨後，大批醫務人員去了農村，醫務人員帶去基層的不僅治病救人之術，還帶去了中醫的辨證用藥理論。