2009年
9月25日，時任市委常委、常務副市長黃奇帆在全市深化醫藥衛生體制改革電視電話工作會議上提出建立重慶藥品交易所的構想。
11月5日，時任市委常委、常務副市長黃奇帆主持召開專題會，研究籌建重慶藥品交易所有關事宜。會議決定，從市政府研究室、市發改委、市衛生局等部門抽調人員，啟動籌建工作。
2010年
3月1日，市委副書記、市長黃奇帆主持召開市政府第63次常務會議，審議通過《重慶藥品交易所管理暫行辦法》。
3月30日，重慶市人民政府批準成立重慶藥品交易所。
3月31日，市政府召開重慶藥品交易所成立大會。市委常委、宣傳部長何事忠，市政府副市長謝小軍，市政協副主席陳萬誌等領導出席。
4月28日，市委副書記、市長黃奇帆主持會議，專題研究重慶六大交易所建設發展有關問題，提出重慶藥品交易所“三年發展目標”。
6月25日，市委三屆七次全委會通過的《關於做好當前民生工作的決定》中要求“辦好藥品交易所，抑制藥價虛高”。
6月25日，副市長謝小軍考察重慶藥品交易所，對藥品交易所建設提出要求。
7月3日，市委常委、常務副市長馬正其和副市長謝小軍主持會議，專題研究全市醫藥衛生事業改革發展有關問題，要求加快推進重慶藥品交易所建設。
7月8日，衛生部陳竺部長聽取重慶衛生工作匯報時表示支持重慶探索建立藥品交易所。
7月26日，重慶市機構編制委員會批準重慶藥品交易所為副廳（局）級事業法人單位。
9月1日，中紀委駐國家食品藥品監督管理局紀檢組組長李東海和監察專員姚雪良考察重慶藥品交易所。
9月10日，衛生部規財司、藥政司、監察局領導聽取重慶藥品交易所工作專題匯報。
9月29日，重慶藥品交易所舉行開業慶典，黃奇帆市長出席開業慶典並作重要講話。