2、擬訂並實施全國重大疾病預防控制和重點公***衛生服務工作計劃和實施方案，並對全國實施情況進行質量檢查和效果評價。
3、指導建立國家公***衛生監測系統，對影響人群生活、學習、工作等生存環境質量及生命質量的危險因素，進行營養食品、勞動、環境、放射、學校衛生等公***衛生學監測；對傳染病、地方病、寄生蟲病、慢性非傳染性疾病、職業病、公害病、食源性疾病、學生常 見病、老年衛生、精神衛生、口腔衛生、傷害、中毒等重大疾病發生、發展和分布的規律進行流行病學監測，並提出預防控制對策。
4、參與和指導地方處理重大疫情、突發公***衛生事件，建立國家重大疾病、中毒、衛生汙染、救災防病等重大公***衛生問題的應急反應系統。配合並參與國際組織對重大國際突發公***衛生事件的調查處理。
5、參與開展疫苗研究，開展疫苗應用效果評價和免疫規劃策略研究，並對全國免疫策略的實施進行技術指導與評價。
6、研究開發並推廣先進的檢測、檢驗方法，建立質量控制體系，促進全國公***衛生檢驗工作規範化，提供有關技術仲裁服務，受衛生部認定，開展健康相關產品的衛生質量檢測、檢驗，安全性評價和危險性分析。
7、建立和完善國家級疾病預防控制和公***衛生信息網絡，負責國內外疾病預防控制及相關信息搜集、分析和預測預報，為疾病預防控制決策提供科學依據。
8、組織實施全國性重大疾病和公***衛生專題調查，為國家國民經濟與社會發展規劃公***衛生戰略的制定提供科學依據。
9、開展對影響國家社會經濟發展和國民健康的重大疾病和公***衛生問題防治策略與措施的研究與評價，推廣成熟的技術與方案。
10、組織實施國家級健康教育與健康促進項目，指導、參與和建立國家級社區衛生服務示範項目，探討社區衛生服務的工作機制，推廣成熟的技術與經驗。
11、負責農村改水、改廁工作技術指導，研究農村事業發展中與飲用水衛生相關的問題，為有關部門做好飲用水開發利用和管理提供依據。
12、組織和承擔與疾病預防控制和公***衛生工作相關科學研究，開發和推廣先進技術。
13、負責對下級疾病預防控制機構人員的培訓。
14、開展國際合作與技術交流，引進和推廣先進技術。
15、承擔衛生部交付的其他工作任務。