已經從木黴的次級代謝產物中發現了拮抗細菌的成分。T.longibrachiatum 在含有蔗糖、酵母粉和氯化鈉的培養基上生長，能夠產生二酮哌嗪類物質，對S.aureus及B.subtilis有顯著的抑菌作用，其MIC為13μg/mL；蒽醌類物質大黃素（emodin）具有單胺氧化酶和酪氨酸激酶抑制活性，也具有細菌抗性、抗腫瘤活性及導瀉功能，對革蘭氏陽性細菌的抑制活性較高（Chukwujekwu et al.，2006）；異氰類抗生性代謝產物異氰菌素（isonitrins）A～D和異氰菌酸（isonitrinic acid）E，F從T.viride，T.harzianum，T.koningii和T.polysporum中分離而來，異氰菌素（isonitrin）A抗性譜廣，抑制中濃度IC50為0.2～12.5μg/mL，抑菌譜包括B.aureus，B.subtilis，E.coli和K.pneumoniae等（Fujiwara et al.，1982）。
多肽類物質木黴嗪（trichorzin）PA具有細胞膜滲透調節能力，對Acholeplasma spp.，Mycoplasma spp.和Spiroplasma spp.等微生物的最低抑制濃度 MIC 為3.12～50μg/mL（Duval et al.，1997）。