1.方法：轉基因水稻是通過在實驗室中人工改變水稻基因的方法，將其他物種的有利基因轉移到水稻中，使其產生所需的性狀。而雜交水稻則是通過自然雜交的方式，將兩個不同品種的水稻進行雜交，再從中選擇和培育出具有優良性狀的新品種。
2.基因來源：轉基因水稻的基因可以來自於任何生物，包括細菌、病毒、動物、植物等，只要這些基因能夠對水稻產生有利的影響。而雜交水稻的基因則只能來自於水稻或其他近緣植物。
3.安全性：轉基因水稻的安全性壹直備受爭議，因為人工改變基因可能會導致不可預測的後果，例如產生毒素或引起過敏反應等。而雜交水稻則被認為是相對安全的，因為其所使用的基因都是自然存在的。
4.產量和品質：轉基因水稻和雜交水稻在產量和品質方面可能存在差異。轉基因水稻可能會因為插入了其他物種的基因而產生新的性狀，例如抗蟲、抗病、抗旱等，從而可能會提高產量或改善品質。而雜交水稻則主要是通過雜交來優化現有品種的性狀，例如提高產量、改善口感等。