HE染色全名為蘇木精(hematoxylin)和伊紅(eosin)染色方法，是最基本的也是最重要的病理學染色技術。
HE染色是目前國內外病理診斷上廣泛采用的 常規染色方法。壹張好的HE切片是保證正確病理診斷的關鍵。切片質量的好壞，可直接影響疾病診斷的及時與準確性。作為壹個合格的實驗技術員，能制作出壹張高質量的HE染色切片，是必須掌握的壹門重要功課。
HE染色的實驗原理及註意事項
壹、細胞核染色原理：
蘇木精為堿性天然染料，可使細胞核著色。細胞核內染色質的成分主要是DNA，在DNA的雙螺旋結構中，兩條核苷酸鏈上的磷酸基向外，使DNA雙螺旋的外側帶負電荷，呈酸性，很容易與帶正電荷的蘇木精堿性燃料以離子鍵或氫鍵結合而被染色。蘇木精在堿性溶液中呈藍色，所以細胞核被染成藍色。
二、細胞漿染色原理：
細胞漿內主要成分是蛋白質，為兩性化合物、細胞漿的染色與pH值有密切關系，當pH調到蛋白質等電點4.7-5.0時，胞漿對外不顯電性，此時酸或堿性染料不易染色。當pH調到6.7-6.8時，大於蛋白質的等電點pH值，表現酸性電離，而帶負電荷的陰離子，可被帶正電荷的染料染色，現時胞核也被染色，核和胞漿難以區分。因此必須把pH調至胞漿等電點以下，在染液中加入醋酸使胞漿帶正電荷（陽離子），就可被帶負電荷（陰離子）的染料染色。伊紅Y是壹種化學合成的酸性染料，在水中離解成帶負電荷的陰離子，與蛋白質的氨基正電荷（陽離子）結合而使細胞漿染色，細胞漿、紅細胞、肌肉、結締組織，嗜伊紅顆料等被感染成不同程度的紅色或粉紅色，與藍色的細胞核形成鮮明的對比。
三、分化作用：
染色後，用某些特定的溶液將組織過多結合的染色劑脫去，這個過程稱為分化作用，所用的溶液稱為分化液。在HE染色中用0.5%鹽酸乙醇作為分化液，因酸能破壞蘇木精的醌型結構，使組織與色素分離而褪色。經蘇木精染色後，必須用0.5%鹽酸乙醇分化，使細胞核過多結合的蘇木精染料和細胞漿吸附的蘇木精染料脫去，在進行伊紅染色，才能保證細胞核與細胞漿染色的分明。因此，在HE染色中分化是極為關鍵的壹步。
四、返藍作用：
分化之後，蘇木精在酸性條件下處於紅色離子狀態，呈紅色，在堿性條件下處於藍色離子狀態，呈藍色。組織切片經0.5%鹽酸乙醇分化後呈紅色或粉紅色，故分化之後，立即用水除去組織切片上的酸而終止分化，再用弱堿性水（0.2%氨水）使蘇木精染上的細胞核呈現藍色，這個過程稱為返藍作用或藍化作用。另外用自來水浸洗也可使細胞核返藍，但所需時間較長。
實驗材料
固定液：常用95%乙醇和冰丙酮
蘇木精染液：稱取蘇木精粉0.5g，銨礬24g溶解於70ml蒸餾水中，然後取NaIO 31g，水5ml，再加入甘油30ml和冰醋酸2ml，混合均勻，濾紙過濾，備用。
伊紅染液：稱取0.5g水溶性伊紅染液，溶於100ml蒸餾水中。
稀鹽酸乙醇溶液：用75%乙醇配制1%鹽酸。
系列濃度的乙醇、二甲苯、中性樹膠。
培養瓶、培養皿、眼科鑷、蓋玻片、載玻片、顯微鏡。
實驗步驟
樣品制備：對於貼壁生長細胞，胰酶消化，調整細胞濃度約1×105/ml，滴加於蓋玻片上(置於6孔板中)，培養相應時間後，取出細胞爬片，用PBS 洗滌3次。
樣品固定：95%乙醇固定20min，PBS洗滌2次，每次1min。
染核：蘇木素染液染色2-3min，自來水洗滌。
分色：鏡下觀察，若細胞核染色過深，用1%鹽酸酒精溶液分色數秒，自來水洗滌。
染胞質：浸入伊紅染液染色1min，自來水洗滌。
吹幹或自然晾幹細胞 爬片後，中性樹膠封片。
若細胞用4%多聚甲醛固定，則染色時間相應延長，蘇木素染色12-15min，伊紅5min即可。
實驗結果及註意事項
** 實驗結果**
細胞核呈藍色，細胞質，肌纖維，膠原纖維和紅細胞呈不同程度的紅色。鈣鹽和細菌可呈藍色或紫藍色
註意事項：
1. 染色時調節pH值很重要。如果組織塊在福爾馬林中固定時間長，組織酸化而影響細胞核著色。因此，要在自來水中沖洗時間長壹些或在飽和碳酸鋰水溶液中處理10-30min，這樣可以使細胞核著色較深。染伊紅時胞漿著色不佳，可在伊紅溶液中滴加1-2滴冰醋酸。
2. 切片染蘇木精後，分色這壹步是關鍵，應在顯微鏡下控制進行，壹般以細胞核染色清楚（晰）而細胞質基本無色為佳。如果過分延長分色時間將導致染色太淺，應重新染色後再行分色。
3. 切片經酒精脫水後，入二甲苯時可出現白色不透明狀態，此為脫水不徹底，應將切片退回無水酒精，更換酒精、二甲苯，以求徹底脫水與透明。