1、果實含番木瓜堿（Carpaine）、木瓜蛋白酶（Pa-Pain）、凝乳酶（Rennin）；在淡黃色的果實中含隱黃素（Cryptoxanthin）、蝴蝶梅黃素（Violaxanthin）、β-胡蘿蔔素（β-Carotene）、δ-胡蘿蔔素和隱黃素環氧化物（Crypto-xanthinmonoepoxide）等色素；在紅色的果實中尚含番茄烴（Lycopene）。
2、種子含異硫氰酸節酯（Benzylisothio-cyanate）、番木瓜甙（CarPoside）。
3、果實含糖類（其中有蔗糖、轉化糖等），大量果膠，少量酒石酸、蘋果酸，多種維生素如B1、B2、C、菸酸，多種胡蘿蔔素類化合物如隱黃質（kryptoxanthin）、β-胡蘿蔔（β-carotene），以及多種酶。
4、果實的乳汁及種子含微量番木瓜堿（carpaine）。種子尚含旱金蓮甙（glucotropaeolin），經酶水解產生芐基異硫氰酸酯（benzylisothiocyanate），加氨處理得番木瓜胺（carpasemine）約0.35%；另含脂肪油約25%。