抗感染治療是肺炎治療最主要的環節。細菌性肺炎的治療包括經驗性治療和針對病原體治療。前者主要根據本地區、本單位的肺炎病原體流行病學資料，選擇可能覆蓋病原體的抗菌藥物；後者則根據呼吸道或肺組織標本的培養和藥物敏感試驗結果，選擇體外試驗敏感的抗菌藥物。此外，還應該根據患者的年齡、有無基礎疾病、是否有誤吸、住普通病房或是重癥監護病房、住院時間長短和肺炎的嚴重程度等，選擇抗菌藥物和給藥途徑。青壯年和無基礎疾病的社區獲得性肺炎患者，常用青黴素類、第壹代頭孢菌素等，由於我國肺炎鏈球菌對大環內酯類抗菌藥物耐藥率高，故對該菌所致的肺炎不單獨使用大環內酯類抗菌藥物治療，對耐藥肺炎鏈球菌可使用對呼吸系感染有特效的喹諾酮類（莫西沙星、吉米沙星和左氧氟沙星）。老年人、有基礎疾病或需要住院的社區獲得性肺炎患者，常用哇諾酮類、第二、三代頭孢菌素、β - 內酰胺類/β - 內酰胺酶抑制劑，或厄他培南，可聯合大環內酯類。醫院獲得性肺炎常用第二、三代頭孢菌素、β - 內酰胺類β - 內酰胺酶抑制劑、喹諾酮類或碳青黴烯類。重癥肺炎的治療首先應選擇廣譜的強力抗菌藥物，並應足量、聯合用藥。初始經驗性治療不足或不合理，而後根據病原學結果調整抗菌藥物，其病死率均明顯高於初始治療正確者。重癥社區獲得性肺炎常用β - 內酰胺類聯合大環內酯類或喹諾酮類藥物治療；青黴素過敏者用喹諾酮類藥品和氨曲南。醫院獲得性肺炎可用喹諾酮類或氨基糖苷類聯合抗假單胞菌的β - 內酰胺類、氨芐西林、β - 內酰胺酶抑制劑、碳青黴烯類的任何壹種，必要時可聯合萬古黴素、替考拉寧或利奈唑胺。
肺炎的抗菌藥物治療應盡早進行，壹旦懷疑為肺炎即馬上給予首劑抗菌藥物。病情穩定後可從靜脈途徑轉為口服治療。肺炎抗菌藥物療程至少5 天，大多數患者需要7 ～ 10 天或更長療程，如體溫恢復正常48 ～ 72 小時，無肺炎任何壹項臨床不穩定征象可停用抗菌藥物。肺炎臨床穩定標準為① T ≤ 37.8℃；②心率≤ 100 次／分；③呼吸頻率≤ 24 次／分；④血壓：收縮壓≥ 90mmHg；⑤呼吸室內空氣條件下動脈血氧飽和度≥ 90% 或PaO2 ≥ 60mmHg；⑥能夠口服進食；⑦精神狀態正常。
抗菌藥物治療48 ～ 72 小時應對病情進行評價，治療有效的表現為體溫下降、癥狀改善、臨床狀態穩定、白細胞逐漸降低或恢復正常，但X 線胸片病竈吸收較遲。如72 小時後癥狀無改善，原因可能有①藥物未能覆蓋致病菌，或細菌耐藥。②特殊病原體感染如結核分枝桿菌、真菌、病毒等。③出現並發癥或存在影響療效的宿主因素（如免疫抑制）。④非感染性疾病誤診為肺炎。⑤藥物熱。需仔細分析，做必要的檢查，進行相應處理。