中國中醫科學院成立於1955，前身為衛生部中醫研究所。1971與北京中醫學院合並，更名為中國中醫科學院。5438年6月+2005年2月，中國中醫研究院更名為中國中醫研究院，慶祝成立50周年。
中國中醫研究院是國家中醫藥管理局直屬的集科研、醫療、教學為壹體，以中醫藥科學研究為主的綜合性中醫藥研究機構。該所終身研究員屠呦呦因在青蒿素的發現及其在瘧疾治療中的應用方面的突出貢獻，獲得2015年10月諾貝爾生理學或醫學獎。
截至2016年4月，中國中醫研究院已建立科研單位17個(其中研究所14個)，醫療機構6個，教育單位3個，分支機構2個，學術出版單位5個，附屬單位3個；員工5857人，其中專業技術人員3519人；擁有三個壹級學科博士、碩士學位授予權，壹級學科碩士學位授予權，三個壹級學科博士後科研流動站。