恩施市可開發利用的河流有58條。主要河流有清江、水岱、馬水、馬尾溝、雲龍河、太陽河、田蜜、芭蕉河、車壩河等。水能理論儲量75.6萬千瓦。恩施已探明的礦產資源有39種，產地103處。主要品種有硒礦、鐵礦、煤礦、硫鐵礦、石灰石、白雲石、矽石、大理石、耐火粘土、鋇、鉬、銅、鋅、鋁、磷和水晶。
恩施市共有常見植物資源50科163屬309種，國家重點保護的珍稀樹種有銀杏、珙桐、鵝掌楸、紅豆杉、竹蓀、落羽杉、紅山茶等13種。野生動物資源主要有哺乳動物、鳥類、魚類、兩棲動物***40目121科585種，其中黃喉水貂、穿山甲、果子貍、白鷴、黑斑羚、林麝等12種屬國家重點保護。
恩施市硒資源豐富。富硒碳質頁巖出露面積約850平方公裏，儲量高達25億噸，最高硒含量超過8000mg/kg。富硒巖層形成的大型富硒區的糧食、油料、中藥材、飼草、畜禽產品、礦泉水。