栽培方式不科學，導致病蟲害嚴重，農藥不合理或過量使用，汙染環境，部分中藥材種植區工業廢液廢氣汙染嚴重；有些地區的土壤中含有砷、鉛等有害元素，壹些中草藥在生長過程中富集了這些有害元素。藥材中農藥殘留和重金屬超標，直接影響藥材和中藥的質量以及中藥產品的出口。