圖書館的內設機構有:編輯部、技術部、流通部、期刊部、文獻檢索學科組和醫學信息研究中心。圖書館擁有8個書庫，5個書刊大閱覽室，1個電子閱覽室，2個大自習室，可容納1，800多名學生同時在圖書館學習。截至2009年底，館藏紙質和電子圖書共計1.2萬余冊，自建文獻信息專業數據庫20余個。師生可以通過網絡隨時查詢館藏信息，遠程在線使用各類數據庫資源，並可以通過網絡查詢個人借閱信息、瀏覽新書公告、預約圖書、續借圖書、推薦圖書。
經過多年努力，圖書館已成為江西中醫學院文獻信息中心，形成了以中醫藥教育為主體的多學科文獻協同收藏格局，實現了圖書館的自動化、網絡化管理和服務。圖書館努力貫徹國家教育方針，充分履行教育職能和信息服務職能，為建設中醫藥強館的目標而奮鬥。
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