第壹，歸經不同
麻黃:肺經、膀胱經。
柴胡:肝、膽、肺經。
第二，功效不同。
麻黃:發汗解表，宣肺平喘，利水消腫。
柴胡:調和表裏，疏肝解郁，升陽解郁，清熱止瘧。
第三，適應癥不同
麻黃有發汗解表的功效，可用於風寒表證。以散為主，發汗能力強。適用於外感風寒，惡寒無汗。宣肺平喘，利尿消腫。肺氣揭示的咳喘證和水腫。
柴胡DC。是壹種疏散風熱的藥物，具有升陽解郁的功效。主治外感風熱、中氣郁結證。解熱作用強，能調和少陽之邪，是治療少陽證的重要藥物。又善疏肝解郁，清利膽止瘧，兼望肝氣郁結、瘧疾之證。
擴展數據:
麻黃、柴胡禁忌；
麻黃:陰虛自汗、盜汗、虛喘、陽亢者禁用。麻黃寒性強，表虛自汗、陰虛盜汗、哮喘及腎功能衰竭引起的哮喘患者慎用。而且麻黃興奮中樞神經，多汗失眠者慎用麻黃。
柴胡:柴胡性質為升散、肝風內動、肝陽上亢、氣機升降者禁用或慎用。
參考資料:
百度百科-麻黃百度百科-柴胡