《本草綱目》明確提出黃連瀉火，是治病用的。慢性胃腸道疾病和慢性肝膽疾病的病人，都有消化道癥狀。長期少量服用黃連，確可有益於肝膽，並能使脾胃虛弱納少便稀的病人食欲增進、大便變得稠厚，這就是益肝膽厚腸胃的意思。
1、清熱瀉火：黃連是壹味大苦大寒的中藥材，對於實熱引起的胃火牙痛口苦、口臭以及面紅、大便幹硬、舌苔黃等熱象，黃連均是適宜的瀉火中草藥。
2、抗菌消炎：藥理研究顯示，黃連當中含有的小檗堿，對革蘭氏陽性、革蘭氏陰性等細菌抑制作用，是壹種廣譜抗菌中草藥，因而日常對於細菌引起的痢疾等疾病有壹定的治療效果。
3、保肝利膽：黃連還是壹種保肝利膽的中草藥，可以幫助肝炎患者降低轉氨酶的活性，起到治療作用。