不少貝類可以作為藥材，如鮑的貝殼中藥名叫“石決明”，可以治療眼疾；寶貝的貝殼叫“海巴”，能明目解毒；珍珠是名貴的中藥材，具有清熱、解毒、鎮靜安神、止咳化痰、明目止痛和收斂生肌等作用；近江牡蠣貝殼用於治療眩暈、失眠、盜汗及胃潰瘍等，肉用於治療煩熱失眠、頸淋巴結結核等；烏賊的內殼叫“海螵蛸”，可治療外傷、癲癇、胃病和止血等；其他如蚶、貽貝、文蛤、青蛤等的貝殼都有不同功效。利用貝類提取藥物目前也有很大進展，如從蛤、牡蠣、鮑和烏賊中找到許多抗病毒的物質；從硬殼蛤中提取的蛤素，能夠抑制腫瘤生長等。
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