生長環境不同。菊花都是栽培植物，因產地不同可分為杭菊花、楚菊花、博菊花。野菊花是野生的，生長在路邊、丘陵、荒地、山坡上，分布在全國大部分地區。
功效不同。菊花，性味甘、苦，微寒，歸肺、肝經。功效是疏風清熱，平肝明目。常用於風熱感冒(桑菊飲)，肝陽上亢引起的頭痛、頭暈、目赤(羚羊鉤藤湯)，肝腎陰虛引起的兩眼昏花(杞菊地黃丸)。現代研究表明，菊花能降低血壓，擴張冠狀動脈，增加血流量，增強毛細血管阻力，因此還能治療高血脂、高血壓、動脈硬化。野菊花，性苦、辛、微寒，屬肝、心經，主要功能是清熱解毒。主治:癰、癤、結膜充血、淋巴結核、天皰瘡、濕疹等。因清熱解毒之功強於菊花，擅治各種癤癰(代方消毒飲五種)。此外，野菊花和杭白菊壹樣，也有抗炎、抗病毒、降壓、降脂的作用。
菊花既是中藥，又是保健品，毒副作用小。然而野菊花味苦性寒。長期服用或過量服用，會傷及脾胃陽氣，產生胃部不適、食欲不振、腸鳴、便溏等不良反應。它不適合脾胃虛弱的人和孕婦。因此，菊花和野菊花在臨床應用中不能混淆，更不能互相替代。