山茱萸的成熟幹燥果實，去核後即為名貴藥材山芋肉。果藥入藥，為收斂性補血劑及強壯劑；可健胃、補肝腎、治貧血、腰痛、神經及心臟衰弱等癥。其性味酸澀、入肝、腎經。酸澀收斂，有滋肝補腎、固腎澀精的作用，適用於肝腎不足所致的腰膝酸軟、遺精滑泄、眩暈耳鳴之癥。
茱萸肉含有豐富的營養物質和功能成分，明代李時珍的《本草綱目》集歷代醫家應用山茱萸的經驗，把山茱萸列為補血固精、補益肝腎、調氣、補虛、明目和強身之藥。