三九胃泰和新三九胃泰處方不同，但都是針對飲食不規律、作息不規律、喜辛辣刺激性飲食等引起的胃部不適，可用於治療慢性胃炎引起的燒心、隱痛等癥狀。
從治療效果上來說，兩者其實差別不大，但兩者各有側重。新三九胃泰藥效溫和，對胃刺激性小，可用於治療各種慢性胃炎，如淺表性胃炎、萎縮性胃炎、糜爛性胃炎。三九胃泰則通過減少胃酸分泌，減少對受傷部位的刺激，更適合治療淺表性胃炎。胃病患者的具體用藥方法，應根據自身情況，在專業醫生的指導下使用。