壹、優勢專業不同。
第壹臨床醫學系的優勢專業是內科學（呼吸病系）；第二臨床醫學系的優勢專業是神經內科；第三臨床醫學系的優勢專業是婦產科學。
二、培養、實習醫院不同。
廣州醫科大學第壹臨床醫學系的培養、實習醫院，是廣州醫科大學附屬第壹醫院。
廣州醫科大學第二臨床醫學系的培養、實習醫院，是廣州醫科大學附屬第二醫院。
廣州醫科大學第三臨床醫學系的培養、實習醫院，是廣州醫科大學附屬第三醫院。
三、重點學科不同
廣州醫科大學第壹臨床醫學系重點學科是內科學（呼吸病系）、中西醫結合臨床學科、內科學、兒科學、外科學。
廣州醫科大學第二臨床醫學系重點學科是臨床醫學、神經內科、臨床檢驗診斷學、外科學、急診醫學。
廣州醫科大學第三臨床醫學系重點學科是產科學、生殖醫學、新生兒科、護理學。