約80%的肝癌患者血清AFP升高。在出現肝癌癥狀前8個月，甲胎蛋白已經升高。此時，大多數肝癌患者仍無明顯癥狀，腫瘤較小。手術治療後，這些患者的預後可以得到明顯改善。孕婦和新生兒的甲胎蛋白也會暫時增加，甲胎蛋白是胎兒正常的血漿蛋白成分。懷孕期間，甲胎蛋白會明顯升高，產後3周後逐漸恢復正常水平。
肝損傷、充血性肝腫大、毛細血管擴張、先天性酪氨酸病、睪丸或卵巢胚胎腫瘤(如精原細胞瘤、惡性畸胎瘤、卵巢癌等。)也常常具有升高的甲胎蛋白。
臨床上，當AFP大於200ng(或400ng)時，高度懷疑原發性肝癌。
約10%-15%的肝硬化患者在五年內會發展為肝癌，所以AFP 117ng目前應該引起足夠的重視，建議去正規醫院進行全面檢查。
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