1，咖啡因促進谷胱甘肽酶的分泌，谷胱甘肽酶是肝臟解毒和清除自由基最重要的酶。咖啡中含有的咖啡因和茶堿擴張腸壁血管，緩解腸炎。
2.咖啡灌腸器註入的咖啡清洗了左側靠近肛門的大腸，這是大腸最容易藏汙納垢、排便最頻繁、細菌最多的地方。口服咖啡會刺激胃壁，其殺菌成分對大腸上部的有益菌不利。
3、咖啡灌腸劑中的酸會刺激肛門皮膚，有可能加重痔瘡。所以直腸有出血傷口的人不適合。如果人體質虛弱，灌腸後排便迅速，可能造成體內鈉或鉀等礦物質失衡，進而引起貧血。孕婦不宜咖啡灌腸，尤其是懷孕初期。對腸道的過度刺激可能會引起子宮異常收縮。
“咖啡灌腸”是壹種排毒療法，利用咖啡的酸性刺激腸壁，促進大腸蠕動，殺死直腸內的壞細菌，排出糞便排毒。腸毒素是百病之源，定期清理腸毒素是健康的基本保障。
咖啡灌腸據說是壹種抗癌養生的方式，但目前並未被醫學界證明有效。在1981中，沃爾登伯格博士科學地證明了咖啡中所含的成分可以幫助酶分解血液中的毒素，這重新肯定了幾十年來傳統咖啡灌腸方法的有效性。