檀香仍然是壹種重要的中草藥，壹直被醫生所重視，稱其為“辛溫；脾、胃、心、肺經；暖心、開胃、止痛。“外敷可以消炎、消腫、潤膚；熏蒸、焚燒可以殺菌、驅疫、防疫。可治療咽喉痛、痤瘡、抗感染、哮喘。有調理敏感肌膚，防止皮膚老化的功效。除惡、幹燥、殺菌、防黴、防蟲、防蛀。有安神定誌、輔助冥想、提神醒腦的功效。從檀香中提取的檀香油也廣泛用於醫學。具有清涼、收斂、強心、滋養、潤滑皮膚的多重功效。可用於治療膽道疾病、膀胱炎、淋病、腹痛、發熱、嘔吐等疾病，尤其適用於皸裂、手富、黑斑、蚊蟲叮咬等疾病。自古以來就是治療皮膚病的重要藥物。據玄奘《大唐西域記》記載，因為蟒蛇喜歡潛伏在檀香樹中，所以人們經常用它來尋找檀香。檀香采摘者看到蟒蛇，就從遠處拉弓，向蟒蛇所在的樹上射箭作為標記，等蟒蛇離開後再砍。
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