扁平疣的局部治療方法有：
壹、氟尿嘧啶軟膏，3%酞丁安搽劑外塗，對於面部皮疹，前者應慎用，因可引起色素沈著，水腫與糜爛或過敏反應等不良反應；或應用20%尿素乳膏壹日兩次合並口服烏托洛品壹次0.6克壹日三次連續兩周為壹個療程，可應用兩到三個療程。
二、可選用維a酸、維特明或他紮羅丁凝膠劑，以絕維a酸或阿達帕林，達芙文凝膠劑但都要註意刺激性，堅持治療反應可見減輕。
三、0.5%鬼臼毒素酊，疣脫欣外用於面部皮損，應註意其刺激作用。
四、皮損少時可采用激光燒灼或液氮冷凍治療。
扁平疣的全身治療方法有：
壹、轉移因子壹次二毫克皮下註射，壹周兩次，連續三周壹個療程。
二、聚肌胞註射液壹次兩毫升肌內註射，壹日兩次。
三、胸腺肽十毫克肌內註射，隔日壹次，連用三十天可有壹定療效。