(1)辦公室
組織協調局機關日常政務工作，負責會議組織、文秘工作、檔案、保密、政務信息、安全保衛和行政後勤工作；負責應急管理的日常工作；組織協調突發事件的應急處理；組織建立業務信息系統，承擔統計和綜合信息管理；負責新聞發布、宣傳、外事接待、信訪等工作。
(2)政策法規司
研究起草藥品、醫療器械、保健食品、化妝品、餐飲服務等食品安全的地方性法規草案；負責規範性文件的審查和備案；負責行政執法、行政復議、行政訴訟和國家賠償的監督聽證；指導和監督全系統依法行政工作；組織相關法律法規的宣傳教育。
(3)餐飲安全監管部
負責餐飲服務食品安全的監督管理，監督檢查有關政策、法律、法規和規章的執行情況；負責餐飲服務的行政許可；監督餐飲服務中食品安全標準和管理規範的實施；制定相關監督抽檢計劃並組織實施；開展餐飲服務食品安全調查和監測；負責重大活動餐飲服務中的食品安全保障；依法受理餐飲服務食品安全投訴和舉報並組織調查處理。
(四)保健食品和化妝品監管部門
負責保健食品的生產經營許可和監督管理。監督保健食品生產經營管理規範和技術標準的實施。組織開展保健食品安全監測和評價，發布保健食品安全監管相關信息。承擔化妝品衛生監督管理工作。
(5)藥品安全監督辦公室
監督執行國家藥品標準、直接接觸藥品的包裝材料和容器標準；組織實施藥品分類管理制度；監督醫療機構藥品生產、中藥飲片生產、藥物非臨床研究、藥物臨床研究和制劑質量管理規範的實施；受省局委托，接受醫療機構的註冊、形式審查、現場核查和本地調劑審核；對中藥飲片質量進行監督管理，根據授權對藥學研究機構進行監督檢查；依法監管毒性藥品、麻醉藥品、精神藥品、放射性藥品、戒毒藥品和醫療用藥品的包裝材料和容器；監督藥品不良反應監測制度的實施；辦理進口藥品的通關手續。
(6)藥品流通監管辦公室
貫徹執行國家藥品流通法律、法規、規章和地方藥品流通監督管理法規；負責藥品零售經營許可證的發放和管理；負責藥品流通和使用的監督管理；監督實施藥品經營質量管理規範和藥品流通領域處方藥、非處方藥分類管理；受省局委托，組織實施了藥品零售企業質量管理規範認證工作。
(7)醫療器械監管辦公室
監督醫療器械國家標準和行業標準的實施，監督醫療器械質量管理規範和產品分類管理的實施，監督醫療器械不良事件監測制度的實施；頒發第壹類醫療器械註冊證書；受省局委托，負責發放醫療器械經營企業許可證，負責壹類醫療器械生產企業的註冊管理；負責轄區內醫療器械生產、經營和使用的日常監管。
(8)監察室
負責餐飲服務中的食品安全和藥品、醫療器械、保健食品質量監督、化妝品衛生監督的抽樣檢驗；組織查處餐飲服務中的食品藥品、醫療器械、保健食品、化妝品違法行為；依法處理餐飲服務中的食品藥品、醫療器械、保健食品、化妝品安全突發事件；監測藥品、醫療器械和保健食品廣告；指導和監督檢查組和區縣的檢查執法、應急管理、產品召回和案件調查工作。
(9)計劃財務部
制定食品藥品監管發展規劃並組織實施；制定機關及所屬單位的財務管理制度並組織實施；組織編制機關及所屬單位的預算草案和決算草案；安排和管理相關項目資金；監管下屬單位的國有資產；負責本系統行政事業性收費的監督管理；負責下屬單位的內部審核。
(10)人事教育司
負責機關及下屬單位的編制、調配、工資、幹部培訓、職稱、任免、獎懲；負責機關及所屬單位人員出國培訓、考察等外事工作；受省局委托，組織實施執業藥師考試資格考試、註冊、培訓和繼續教育工作。
機關黨委負責機關及所屬單位的黨群工作。
離退休幹部辦公室負責機關離退休幹部工作，指導下屬單位離退休幹部工作。
此外，按照有關規定設置紀檢監察機構。