藥桶壹般由木頭制成，以“橫平豎直”的方式排列。每個桶分3格(大批量飲片也有2格)，每個格放壹個飲片。為了存放質地較輕的飲片，可在整個藥桶的下層設置三個特大桶。中藥的擺放要根據中藥方劑的配伍規律和中藥的性能來設置，盡量將方劑中常用的飲片放在壹起，方便調劑時查找。常規上，常用的飲片先放在鬥架的中上層，方便配藥，稱取。如當歸、白芍、川芎；黃芪、甘草參與方；麥冬、天冬和北沙參；金銀花、連翹和板藍根；防風、荊芥和白芷；柴胡、葛根和升麻；黃芩、黃柏和黃連；沙參、豆蔻和木香；香附、厚樸和延胡索；焦神曲、焦麥芽、焦山楂；遠誌、柏子仁、酸棗仁；桔梗、苦杏仁、桑白皮；天麻、鉤藤、蒺藜；陳皮、枳實和枳實；附子、幹姜和肉桂；澤瀉、山藥、牡丹皮等。其次，將質地較輕、用量較少的棋子放在桶架頂部。如月季、白梅花、佛手；玫瑰、玳瑁花和厚樸花；絡石藤、海風藤和青風藤；密蒙花、枇杷、木賊等。然後把重的塊(礦物質、化石、貝類)和容易造成汙染的塊(炭藥)放在桶架底部。如磁鐵、赭石、紫水晶；龍骨、龍牙、牡蠣；珍珠母、瓦楞子和石決明；鈣芒硝、石膏、蛤殼等。炭類藥物，如藕節炭、根莖炭、地榆炭；黃芩炭、黃柏炭和大黃炭；蒲黃炭；艾草炭和棕櫚炭等。最後將質地疏松、用量大的飲片放入底部大藥桶中。如燈心草和通草；蘆葦和蘆葦；茵陳和金錢草；白花蛇舌草與半枝相連；竹茹和絲瓜；薄荷和桑葉。