1．進口藥品通關單適用範圍：
(1)藥品指用於預防、治療、診斷人的疾病，有目的地調節人的生理機能並規定有適應癥或者功能主治、用法和用量的物質，包括中藥材、中藥飲片、中成藥、化學原料藥及其制劑、抗生素、生化藥品、放射性藥品、血清、疫苗、血液制品和診斷藥品等。
(2)納入《進口藥品目錄》管理的進口藥品詳見國家食品藥品監督管理局、海關總署公告2003年第9號附件（四）國食藥監註(2005) 655號文附件4，以及國食藥監註[2006]544號文。
(3)從境外進入保稅倉庫、保稅區、出口加工區的藥品，免於辦理進口備案和口岸檢驗等進口手續。從保稅倉庫、出口監管倉庫、保稅區、出口加工區出庫或出區進入國內的藥品，海關驗核進口藥品通關單，並按規定辦理通關手續。
2．進口藥品通關單不適用範圍：
(1)出口藥品因殘損、短少、品質不良或者規格不符等原因，原狀退貨復運進境的藥品。
(2)經批準以加工貿易方式進口的原料藥、藥材，免於辦理進口備案和口岸檢驗等進口手續，其原料藥及制成品禁止轉為內銷。確因特殊情況無法出口的，移交地方藥品監督管理部門按規定處理，海關予以核銷。
(3)在展覽會、技術交流會或類似活動中展示或演示用的進口展覽藥品屬海關監管的暫時進口貨物，進口時不需辦理藥品進口備案手續和口岸檢驗。貨物所有人放棄的展覽藥品，經海關認可後，由海關移交當地藥品監督管理部門監督銷毀。