中藥專利保護和中藥品種保護的目的是對中藥技術成果給予法律保護，從而促進中藥的發展。在這壹點上，他們是統壹的。它們之間的區別介紹如下:1。兩種保護的法律效力不同:專利保護的法律依據是《中華人民共和國專利法》，屬於全國人大常委會正式通過的國家法律，保護方式是專利局通過訴訟授予專利保護範圍。中藥品種保護的依據是國務院制定的《中藥品種保護條例》，屬於國家法律法規。保護方式由國家衛生行政部門(現已由國家醫藥產品管理局改為，下同)監督管理，采取行政保護措施。前者在法律效力上大於後者。也就是說，根據法律與法規的矛盾，法規服從於法律的原則。對於同壹品種的中藥，如果二者保護的權益不同，則後者在法律效力上以前者為準。為此《中藥品種保護條例》第二條第二款規定:“申請專利的中藥品種，依照專利法的規定辦理，不適用本條例。”2.被保護人的權利性質不同:專利權屬於知識產權的範疇。所謂知識產權，是國際上普遍認可的壹種特殊的無形財產權，包括工業產權和著作權，工業產權包括專利權和商標所有權。知識產權在法律概念上具有專有權和財產權的特征。專利保護是通過授予專利權來保護專利申請人，專利權人享有該專利技術的專有權，即專利權人享有獨占使用其專利權的權利和限制或者允許他人使用其專利權的權利。也就是說，專利權人有權決定是獨家生產其專利藥物，還是許可其他廠商生產，許可其他廠商生產。未經專利權人許可使用其專利技術構成侵權的，專利權人有權停止侵權行為，並要求侵權人賠償其經濟損失；中藥品種保護屬於對特定生產企業生產的中藥品種的行政保護措施，不具備法定專有權和財產權的特征，即對於中藥品種保護而言，同壹受保護品種的受益者不僅有壹個，同時可以是兩個以上的生產企業， 且決定保護幾家生產企業同時生產同壹產品的權利人不是中藥保護品種證書持有人，即中藥保護品種證書持有人的權利是非排他性的，對擅自仿制中藥保護品種的處罰權屬於衛生行政部門，中藥保護品種證書持有人無權要求賠償其經濟損失。 因為有了財產權，專利權人和普通產權人壹樣，有權決定自己所擁有的專利的命運，如轉讓、贈與、放棄等。這是產權人在法律概念上的處分權。因此，專利權可以進入商品流通領域進行自由交易，專利權人有權決定是否通過部分或全部轉讓獲得經濟利益；但中藥保護品種證書持有人的權利不能自由進入商品流通領域進行交易和轉讓。僅對臨床緊缺使用的中藥保護品種，中藥保護品種證書持有人可根據中藥生產經營主管部門提出並經國務院衛生行政部門批準的仿制建議，收取合理使用費，雙方協商不能達成壹致的，由衛生行政部門做出裁決。換句話說，中藥保護品種證書持有人收取這種使用費是有條件的，也是非自願的。3.專利保護的客體範圍不同:專利保護的客體包括復方中藥、單味制劑、中藥提取物及其制劑、中藥的制備方法或加工工藝、中藥的新用途。而且受專利保護的藥品可以是官方批準的藥品品種，也可以是未上市的在研藥品；中藥品種保護的對象僅為列入國家藥品標準和國務院衛生行政部門認定的省、自治區、直轄市藥品標準的藥品。(《中藥品種條例》第二條規定“本條例適用於我國境內生產制造的中藥品種，包括中成藥、天然藥物提取物及其制劑、中藥人工制品。”4.保護期限不同:藥品專利保護期限統壹為20年；我國藥品保護期限不統壹。中藥壹級保護品種分別為30年、20年、10年，中藥二級保護品種為7年。
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